办官报。
6月8日。锡良奏报将本溪湖煤矿收回。东三省总督锡良奏报，将本溪湖煤矿收回，由中、日合办。双方已签订合同，暂定股本为200万元，中、日双方各承担一半。
6月9日。湖北数团体集会欢迎梁祖禄一行。湖北请愿国会同志会、湖北谘议局、汉口商务总会、汉口各自治保安会、教育会等30多个团体，集会欢迎赴京请愿的南洋侨商梁祖禄一行七人。到会的5000多人，一致要求速开国会。
清廷授予游学毕业生职位。清廷召见参加廷试的游学毕业生项骧、陈、颜惠庆、魏宸组等130余人，并分别授予不同职位。
6月10日至25日。孙中山在日本开展革命活动。孙中山离美赴日本。在离开檀香山之前，函请在日同志与日本政府交涉有关入境问题。日本政府表示只有改名方可通融，孙中山遂化名多坎斯，于5月30日启程前往日本。本日，孙中山乘船抵达日本横滨。登岸后即与黄兴以及在日本的部分革命党人秘密会晤，就一些重大问题交换意见，并就未来方针大计取得一致看法。决定本年冬季前暂缓举行全面起义，等布思在美国筹集到更多捐款后，再采取行动。同日，清廷在日本的侦探查到孙中山赴日行踪，向日方提出交涉。经日本政府讨论，决定准予孙中山在日居留，但又不便公开表示同意，遂令横滨警长出面，劝孙中山到外地去。6月11日，孙中山化名阿拉汉，由横滨秘密潜往东京，隐居在小石川区原町引番地区宫崎寅藏的寓所。在此与黄兴、赵声、宋教仁、谭人凤等密商进行革命行动的具体方案。决定先在东京设立秘密机关，以便于联络和统一指挥各省革命团体的统一行动。同时决定，通知国内的同盟会会员，在年内中止一切不成熟的举动，在今后几个月里可以采取和平方式进行革命工作，并可通过各种途径为革命筹款。6月22日，孙中山自东京写信给纽约同盟会会员，指出长沙所发生的排外事件，纯属饥民自发举动，不是革命党所为，并说可能要离开日本。并函告布思，已将他的建议转告给各省，今年冬季以前不再举行起义。因清廷屡次向日本政府提出交涉，不准孙中山在日本居留。孙中山被迫于6月25日离开东京，经香港、槟榔屿，前往新加坡。
6月10日。中、法在天津签订《井陉煤矿抵押合同》。
6月12日。上海轮船招商局召开第一次股东大会。大会在张园召开，到会者500余人，选举盛宣怀为总理，推派张志潜、李国杰为赴京代表，以敦促清廷将上海轮船局争回商办。
广东香山僧道为抗议政府征收庙捐聚众起事。广州香山县王进向县署请求承办全县的巫、道、僧、尼捐。经知县核准，王开始设局抽捐。本月7日，各僧、道等联合进行抵制，又派人到各乡与乡民商议对策。本日晚，各乡聚众拆毁该局。该区巡警弹压不住，副将马某率领数十名乡勇赶往支援，被众人用石块、砖头砸伤。乡勇朝天放枪示威，更加激起民愤，众人一拥而上，将马副将的坐轿打碎。巡警正局巡佐张某，也被飞石击伤，该局被拆毁。众人趁势拥进承办海防经费及僧捐的陈善余住宅，将其住宅拆毁，又放火将衣服、器具全部烧毁。接着，众人又拥到上基盐埠，埠内巡丁开枪抵抗，数名乡民被打伤。众人更加愤怒，放火将盐埠烧毁，并夺取大量食盐。第二天，上基一带商店全部闭门罢市。
清廷任命瑞澄为湖广总督，杨文鼎为湖南巡抚。
清廷禁止发行《官话筒字报》。学部认为《官话简字报》提倡的50音母、12喉音，有模仿汉字之意。为此，奏请清廷禁止其发行，获准。
6月14日。湖南常德发生严重水灾。湖南常德府自11日以来，连降暴雨，上游的贵州也久雨不停，造成江水下灌，内河水势骤涨。13日东、西大堤及沿河大坝同时崩溃，六座城门已关闭五座，门内筑起一丈多高的挡水墙，才勉强将水挡住。府城东南城墙根，由于连日浸泡在水中，内侧已坍陷10余丈。常德府后乡一带古挡堤、萧庄障、赵家挡、黄花障、连八障的大小围堤全部溃决，全境一片汪洋。田地、房屋、牲畜、所有物品全部被淹，淹死的人不计其数。湖广总督瑞澄、湖南巡抚杨文鼎急电奏报清廷。清廷即刻拨款二万两白银赈济灾民。
6月16～27日。各省谘议局等发起第二次速开国会请愿活动。此次齐聚督察院递交请愿书的共有10个社会团体、80余名代表，各团体及其首席代表分别是：各省谘议局议员代表孙洪伊，各省商会代表沈懋昭，苏州及上海商会代表杭祖良，南洋雪兰峨二十六埠中华商会代表兼澳洲华侨代表陆乃翔，直隶教育会代表雷奋，江苏教育总会代表姚文楞，各省政治团体代表余德元，直隶绅民及旗籍绅民代表李长生、文耀，东三省绅民代表乔占九。据称，此次在请愿书上签名的国民达30多万人。各省谘议局请愿书称：在现行制度中，资政院性质不明确，其组织与权限互不相融，既不便于人民，也不利于官吏。朝廷要想表明立宪决心，就必须先从废除资政院建立国会制开始。朝廷对于预备立宪缺少诚意，一味敷衍。近来民心涣散，时势危机