伦办事大臣连顺拟请招集商股购运机器，开采蒙古金矿，前天津税务司柯乐德也禀请代招俄股遵章妥办。但是自光绪二十四年（1898年）至光绪二十九年（1903年），因某些大臣恐怕“招商开采蒙古金矿有害无利”，及“蒙古该旗盟长呈报有碍风水游牧”等等原因，致使开采金矿一事一再中断，后俄国领事利用官方手段请求开采金矿，故外务部向清廷奏道：“查臣部议复热河都统锡良折内请将蒙古各旗矿产设法开采，又政务处议复山西巡抚赵尔巽折内，亦有内外蒙古矿产甚繁、兴利实边当务之急各等语，均经奉旨允准咨行到库，札饬各盟一体遵照，该盟长等已知开矿兴利之意，现柯乐德请仍续办矿务，亦应各无异言等因，并准该将军连顺将该处开矿并无窒碍情形声复到部。臣等伏查蒙古图什业图汗、（库）［车］臣汗两盟界内矿地，逼近俄疆，久为彼国游民，私自偷挖，防维杜绝，智力俱穷。是以前出使大臣洪钧曾有自行设厂挖金，以防俄人越取之奏。即连顺原议，亦无非为兴利防害起见。……俄人越境私挖，仍难禁阻，设因驱遣之故。由其领事向我请办，则事关交涉，准驳均属为难，不如先自开，准令俄人附股，犹得稍保利权。”“如蒙俞允，请饬下库伦办事大臣丰阿会商定边左副将军连顺，妥订详细章程，奏明办理，并照总理衙门原奏，先就图什业图汗界内开采，徐图推广，以裕利源。”据此，清廷谕令“如所议行”。
直隶总督袁世凯奏请在天津由绅商合力集股开设银行及商务公所。得清廷允可。
蔡元培对爱国学社和中国教育会的内讧十分不满，离开上海前往青岛。
清廷派吏部尚书张百熙、兵部尚书裕德、都察院左都御史溥良、陆润庠、户部左侍郎陈邦瑞、右侍郎戴鸿慈、都察院左副都御史张仁黼、内阁学士刘永享为殿试读卷官。
6月19日。新任两广总督岑春煊到达广州，立即前往广西督师镇压会党起义。
奕将有关经济特科考试的有关事宜奏报朝廷，清廷谕令经济特科保荐人员于闰五月十六日（西历7月10日）在保和殿考试。
《苏报》本日发表爱国学社社员所撰写的《敬谢教育会》一文，宣告爱国学社独立。
6月20日。因张百熙等人在刻印题纸时将“昔”字误刻作“晋”字，清廷命将张百熙等交部照先例议定处罚。
有官员参奏浙江盐运使黄祖络贪横蠹政，欺罔营私，并罗列其不法行径五条。清廷令李兴锐按照所参各节，确切查明，据实具奏。
6月21日。清廷命沿江沿海省份督抚严拿倡言革命的学生并整顿学堂条规。清廷对学生开展的日益高涨的革命活动既惊又怕，为镇压学生运动，外务部于本日电令沿江沿海各省督抚严拿倡言革命的学生，电文称：“朝廷锐意兴学，方期造就通才，储为国用，乃近来各省学生潜心肄业者固不乏人，而沾染习气，肆行无忌者正复不免，似此猖狂悖谬，形同叛逆，将为风俗人心之害。着沿海沿江各省督抚，务将此等败类，严密查拿，随时惩办。所有学堂条规，并着督饬认真整顿，力挽浇风，以期经正民兴，勿误歧趋。是为至要。”
云南巡抚林绍年奏请允许在候补各员中选择明达可造之材同学生一同游学日本，并添没中学教司随同，以资督率。
6月22日。清廷官吏侦知上海租界中的倡导拒俄抗法之人，并开列了密拿蔡元培、陈范、吴稚晖、黄宗仰、章太炎等人的名单。
6月23日。清廷颁布渝令，授一甲3人，王寿彭为翰林院修撰，左霈、杨兆麟为编修。赐进土及第；二甲黎湛枝等138人，赐进土出身；三甲牛兰等138人，赐同进士出身。
端方奏报遵外务部密谕严拿爱国学生情况。为了镇压开展拒俄运动的爱国学生，清廷外务部密谕各省督抚对其严加查拿。本日，兼湖广总督端方将查禁情况奏报清廷：“查四月初间，方闻上海有爱国会社诸生，借俄事为名，在张园演说，议论狂悖，即经密电江宁查禁拿办。续在日本有各省游学生亦借俄事为名，编集义勇队、运动部名目，欲入长江勾引票匪为乱，复经方于五月初一日密电沿江海各省，严防密拿。各在案。现仍督饬文武各员严密查拿，未敢稍涉松劲。至湖北各学堂，平时具有条规，约束学生尚为严谨，方复随时亲往学堂考察规矩功课，务使学生咸知尊亲大义，不为邪说动摇。如有浮嚣悖妄之徒，立即黜革惩办。以期仰副朝廷兴学育才至意。”
6月25日。清廷命前贵州提督冯子材会同岑春煊办理广西军务，并任命丁槐为广西提督。
中国教育会与爱国学社分裂。继本月19日爱国学社社员在《苏报》上发表《敬谢教育会》宣告独立一事，黄宗仰代表中国教育会于本日在《苏报》上发表《贺爱国学社之独立》一文，算是作了答复。此举标志着中国教育会与爱国学社正式分裂。分裂的起因最初是由于账目问题，进而双方又产生了意见分歧。爱国学社部分学员认为学社是独立机构，而并非隶属于中国教育会，双方为此而展开争论。爱国学社以吴稚晖作为代表，教育会以章太炎、邹容为代表。