在日本东京各学生，便可至东三省与俄人决战。情形叵测，就使本为忠义，然拒义和团之日未久，亦深虞其有碍邦交。朕以为该学生等既反叛朝廷，朝廷亦不得妄为姑息。蔡钧、汪大燮于在日本留学各生，即可时侦动静。地方督抚于各学生回国者，遇有行踪诡秘，访闻有革命本心者，即可随时拿到，就地正法。”清政府对爱国学生采取缉捕严惩手段的这份密谕一经揭露，立即使整个舆论界一片哗然。
6月6日。美俄两国于本日在华盛顿（原在北京）谈判在满洲开商埠的事宜。
6月8日。许珏将在意大利考察的有关财政的情况上奏清廷。出使意大利大臣许珏将考察到的情况举奏朝廷。他在奏折中谈到，到意大利数月，考察其政俗，但却觉得他们的财政更为出色。其幅员不及中国十分之一，但年收入却比中国多五倍。探究原因，大盖是其殚心经划，且毫无中国笼统粉饰的弊端之故。此外，许珏还将翻译之后的意大利税则和财政汇考上交清廷。
江宁布政使李有解职，清廷以湖南按察使黄建为江宁布政使。
6月9日。外务部奏请清廷允准张之洞、盛宣怀等所拟订的沪宁铁路筹借英款合同，得到朝廷的许可。
因办理漠河金厂出力，清廷令将已革职的直隶候补直隶州知州詹恩圣官复原职。
6月10日。德国使臣穆默觐见光绪帝。
俄国公使雷萨尔会见庆亲王奕，提出新约7条，遭到奕的拒绝。
6月11日。奕奏报拒绝俄使七项要求。昨日，庆亲王奕拒绝了驻华俄使的新约7条，本日又将其详情禀报朝廷：“俄国钦差大臣雷萨氏复任回京师后，于昨日（中五月十五）来访臣协商东三省事，并问该约是否能决定。臣答称：我国悉依遵昨春缔结盟之条款，又何新约决定之有？雷萨君又谓：贵说极为率直偏拗，有破国交和亲之虞，请如敝使融和亲恳之言，勿吝采酌而施行。旋复用温言婉辞以动臣心。臣唯满洲为我皇祖发祥之地，不得久任人之滥为侵害，更不可不力图恢复主权以存国体。于是复排斥婉曲之巧辞与彼言曰：敝国以东三省地方为全国之咽喉要领，今贵国施其强制手段，抑压我国之咽喉，毋乃残忍太甚，前贵国署理大臣之提议协约案，已不能应诺其一二条款，今贵大臣又提议新约，势亦万不能应允，望贵公使见谅，当以依遵去岁条约为是。”
清廷免缓广西平南；桂平等9州县遭水旱灾害地方的钱粮。
6月12日。清廷命候补道杨枢为出使日本大臣，代替蔡钧。
梁启超于本日在美国首都华盛顿总统官邸白宫拜会了西奥多·罗斯福总统，双方进行了近半小时的友好交谈。
《大公报》登载清廷禁止拒俄演说告示。陈独秀在安庆藏书楼前所作的拒俄演说，引起爱国人士的共鸣，同时也惊动了清廷。演说后不久，清当局即在藏书楼前贴出了告示。本日的《大公报》刊出了该告示，其内容为：“照得本城拐角头旧敬敷书院房屋改为六县中学堂之用，因款项支绌，尚未兴办。前经程绅建勋等创设藏书楼，经方前府筹拨公款千金，并将此项房屋暂借应用。现丁绅等设立皖江公学，原为造就人才起见。访闻近有由东洋游学回国之人，在该处私设社会，演说悖妄之词，摇惑人心，实属荒谬，有违国家法律。现奉抚宪面谕，不准演说，私设社会，如违拿办等因，并札六县会商绅士，赶紧设法筹捐，兴办中学堂外，合亟出示晓谕。为此示仰各学生及诸色人等一体知悉。须知国家兴办学堂，系为亟求人才而设，各学生须知讲求实学，为国家有用之才，切勿轻听邪说，误听信从，自取重咎。至于国家应办之事，朝廷自有权衡，毋庸该生等过虑。此后不准在藏书楼演说、私设社会，及他处亦不准行，以正人心，而端趋向。倘敢故违，定即随时访查，指名提究不贷。其各凛遵毋违。切切！”
6月13日。中国教育会就爱国学社是否应该独立的问题召开评议会。
6月15日。日本邮船开始在长江航行。
6月16日。俄国枢密参赞伯仔布拉塞夫自俄国首都赴旅顺与关东军提督亚历克塞耶夫会商满洲问题。
清廷电谕丁振铎等严饬各军，快速收复临安、石屏等地，消灭当地起义军。
据直隶总督袁世凯奏，遵规章创练常备军，现已练成步、炮、马、工程、辎重等25营。
6月17日。江南制造局奉湖广总督张之洞之命将“龙骧”、“策电”两艘兵舰分别拨归江西、松江，“虎威”舰仍留在江南制造局，“飞霆”舰驶赴沿江一带查缉枭匪。
6月18日。清廷饬令整顿京营及保甲。因有大臣奏，京城军营废弛日久，军籍不实，大半都是市井游惰及衙蠹地痞，就连顺天、直隶各州县所办的保甲，也是偷惰成习。故清廷令军机大臣，让步军统领衙门、顺天府尹、直隶总督分别查明，认真整顿。
清廷允准库伦办事大臣丰阿等人妥订续开蒙古五处金矿的章程。蒙古“西自鄂尔河哈拉河至额能河，北白色埒河至伊鲁河”区域内有五处金矿，苗线极旺。于是，定边左副将军库