袁世凯本日仿效德国常备军制度，制定《北洋常备军营制饷章》，并以新练军为基础，创练北洋常备军，还在保定专门设立北洋行营将弁学堂，派补用道雷震春为总办。25日，北洋行营将弁学堂在保定正式开办，由与王士珍、段祺瑞并称“北洋三杰”的冯国璋担任督办。
云贵总督允许英、法商在滇开采矿产。云贵总督魏光焘、云南巡抚李经羲与法英隆兴公司总办、法国总领事官弥乐石在北京正式签订《云南隆兴公司承办七属矿务章程》24款，允许隆兴公司在云南省境内开采各项矿产。
天津时疫流行，绅商孙仲英等在天津创设保卫医院11所。
6月22日。葡萄牙驻华公使白朗谷从北京经天津抵达上海。
文明书局在上海开办。文明书局由无锡老名士廉南湖、俞仲还、丁宝书等合资创办，俞仲还任经理。该书局与当时社会上兴起的创办新学校、提倡新学说潮流相配合，一开办就首先出版了新颖小学教科书《蒙学课本》，销路颇广。接着，该书局从无锡延聘了中国自制印刷铜版第一人的赵鸿雪，推行用铜版印制书画，其铜版书画在当时超过了商务、中华、有正等书局。这些书和画册不但行销国内，且远及日本和南洋群岛，读者对其评价颇高。该书局还刊行了大量的笔记，如《说库》、《清代笔记丛刊》、《笔记小说大观》等。这些笔记本子很小，携带方便，深受读者欢迎，在学术卜也有一定价值。1932年，文明书局并入中华书局。
6月23日。清廷命张百熙、陆润庠会同顺天府五城御史妥议章程，在北京兴办医局。
（启蒙画报）在北京创刊。《启蒙画报》由彭翼仲、彭谷生主编，初为日刊，次年改为月刊，后又改为半月刊，凡伦理、地舆、掌故、格致、算术、动植物等学科，都分列绘制成图，并配文解说，是学童入学的阶梯。
6月25日。清政府与英国正式订立《上海会审公廨合同》。
6月26日。清政府与日本开始进行商约谈判。
英军入侵西藏干坝宗地区。英国驻哲孟雄（今锡金）专员惠德以“西藏不履行条约”为由，本日率英军百余名闯入中国西藏干坝、纳金地区，并蛮横地限令当地藏族官员、守卡官兵和西藏人民在24小时内撤出该地区。当地中国藏族官民据理力争，群起抗议，但惠德置之不理，并用武力再三威胁，迫使西藏官兵和人民撤出他们世代居住的地方，英军随后拆毁了当地原藏军隘卡，并向北侵至西藏干坝宗南思补纳山一带，修立界石21处。清政府驻藏大臣裕钢和清廷获悉此讯后，分别向英印总督和英国驻华公使提出了强烈抗议，裕钢还派知府何光燮前往商谈，中英双方于是开始了藏哲边界谈判。
6月28日。京师大学堂总教习吴汝纶抵达东京，开始考察日本教育。
6月29日。上海澄衷学堂获光绪帝御书匾额。光绪帝为澄衷学堂御书匾额一方，上书“启蒙种德”四字，由督学部特派专人于本日送至上海。上午10点，上海道袁树勋、上海县知县汪懋琨及下属各官陪同督学部专员，敬送匾额至上海市虹口塘山路（今唐山路）的澄衷学堂。澄衷学堂是上海第一所由中国人创办的“洋学堂”，由宁波旅沪巨商叶澄衷捐资10万银两创办。1901年春，校舍落成并招生开课。校内设备齐全，学生免缴学费，另发给书包、课本及竹布长衫。一时间，该校声名远扬，人所称道。为此，当时任商约大臣的吕海寰、盛宣怀有感于叶澄衷出资兴学之举，特奏请光绪帝颁赐这块御书匾额，以示嘉奖。
6月30日。清廷命各省督抚切实剔除新旧偿款过程中的弊端，以纾民力。
本月。直隶总督袁世凯在保定创设北洋军政司，作为直隶省练新军的负责机构，自兼督办。
四川资阳义和团聚众千余人夜袭天鼓桥地方的美、英教堂，资阳“樵夫牧竖”踊跃加入义和团，号称“仇洋灭教”，群起焚毁教堂。四川总督奎俊率兵镇压，并将资阳知县撤换。
四川仁寿、简州、金堂、华阳等地义和团“纠众接仗”，英勇奋战，进逼龙潭寺，省城成都戒严。
周学熙奉直隶总督袁世凯之命，在天津创办银元局。
黑龙江瑷珲霍乱蔓延。
7月1日。工部左侍郎盛宣怀与商约大臣吕海寰偕英国公使马凯由上海启程赴南京、湖北，准备与两江总督刘坤一、湖广总督张之洞会晤商约事宜。
7月2日。清廷谕准两广总督陶模因病乞休。
7月3日。清廷命德寿署两广总督；调岑春煊为广东巡抚，丁振铎为陕西巡抚；任命王之春为广西巡抚。
清廷命外务部与总理耶稣教会事务李提摩太商议民教相安条规，以期缓解民教矛盾。
7月4日。出使日本国大臣蔡钧致电直隶总督袁世凯，称日本外务部已答应与英国一起帮助清政府收回天津，望清政府加快速度，切实变法。
上海道袁树勋饬令上海城厢内外平粜大米赈灾。
7月5日。议和全权大臣奕照会德、英、俄、法、日、意六