计划，这部巨著将是“第二帝国时代一个家族的自然史和社会史”，它将首先“研究一个家族中的血统和环境问题”，其次是“用事实和感觉描写出这个时代的社会面貌，并且在万万千千风俗和事件的细微末节中刻画出这个时代”。
从二十八岁到五十三岁，勤劳不息的左拉整整伏案写作了二十五年，终于写成了《卢贡-马卡尔家族》。全书共二十部，长达六百万字，出场人物多达一千余人；内容几乎涉及法兰西第二帝国社会生活的各个方面：政治（《卢贡家族的命运》、《卢贡大人》、《普拉桑的征服》）、军事（《崩溃》）、宗教（《莫雷教士的过失》）、商业（《女福公司》）、不动产投机（《贪欲》）、金融（《金钱》）、工人（《小酒店》、《萌芽》、《人面兽心》）、农民（《土地》）、科学（《巴斯加尔医生》）、艺术（《作品》）、交际界（《娜娜》）和日常生活（《爱的一页》、《家常琐事》、《巴黎之腹》、《生活的欢乐》《梦》）。其卷帙之浩繁，堪称继续《人间喜剧》之后又一部罕见的文学巨厦。
《卢贡-马卡尔家族》所包括的二十部长篇小说，思想意义和艺术成就是参差不齐的。毫无疑问，谬误的自然主义理论在不同程度上影响了这些作品的创作。但同样毫无疑问的是，在其中那些出色的作品里，病理研究让位给了社会研究，生物学的决定论让位给了社会环境的决定论，家族史让位给了社会史，无动于衷的“科学家”左拉让位给了爱憎分明的社会学家左拉，总之，现实主义取得了对自然主义的胜利。
《卢贡家族的命运》（1871）是全书第一部。它原企图表明遗传对后代的重大影响：患精神病的富农女儿弗格嫁给园丁卢贡，生了一个儿子。丈夫死后，她又同酒精中毒者马卡尔姘居，生一男一女。这三个子女分别受弗格和马卡尔的遗传，又连续影响到卢贡-马卡尔家族的第三代，第四代以至第五代。可是实际在这部小说里占主导地位的却是富有社会内容的情节：1851年拿破仑第三政变时朴拉桑小城里革命与反革命的斗争。在这场斗争中，卢贡家族的第二代皮埃尔以及他的儿子雨瑟和阿里斯第德都站在反革命政变一方，作了丑恶的表演；而皮埃尔的外甥西魏尔及其女友蜜埃特则站在反对政变的共和军一方，在起义中献出了生命。拿破仑第三政变的不得人心，其拥护者的可憎的面目，都在小说中得到无情的揭露。
第二帝国是投机家和冒险家的乐园。这种投机家和冒险家的典型，首先在《贪欲》（1871）中登场。拿破仑第三政变第二天，卢贡家族的第三代人物阿里斯第德，怀着发财的欲望来到巴黎。他原是共和派。为了发财，他摇身一变，依附在帝国政府里当部长的弟弟欧仁，当上路政副专员。他改名萨卡尔，娶了一个怀了孕的姑娘，得到一批作嫁妆的房地产，从此干起房地产投机的买卖。这暴发户的财富就像“燃烧在全巴黎头上的巨大的烟火”。但是投机总有风险，他破产了，硬逼着老婆拿出陪嫁的最后一块地产还债，才免吃官司。
1877年问世的《小酒店》轰动一时。左拉在写作计划中写道：这是一部“关于工人的小说”，它“解释民众的风尚、罪过、堕落、精神上肉体上的畸形”，而“这是由于现在社会里工人所处的环境和条件”。小说主人公是马卡尔家族的第三代、洗衣女工绮尔维丝。她未成年就和制鞋工朗蒂埃生了两个儿子。后被朗蒂埃抛弃，嫁给盖房工人古波。古波受了工伤，变得懒惰而又酗酒。不久，勤劳的绮尔维丝也开始借酒浇愁，重与朗蒂埃鬼混，迅速沉沦竟至试图卖淫。最后，古波酒后中风死在疯人院，绮尔维丝也死在楼梯底下的黑洞里。《小酒店》的发表引起强烈的反响，其中不乏责难之词。有人说左拉“侮辱工人”。甚至连雨果也认为，小说所写的情况虽然真实，但作家在无法医治创伤以前“没有权利把贫困和不幸赤裸裸地暴露出来”。但《小酒店》还是有其不容抹煞的社会意义：通过逼真写照的形象，它勇敢地把资产阶级竭力掩盖的劳动者非人生活状况公布于世，是对资本主义制度的一份不可辩驳的诉状。
《萌芽》（1885）是在1880年大赦以后、工人运动在法国重又发展的形势下写成的。这部小说表现了左拉对社会问题的更加浓厚的兴趣，正如左拉在提纲中所说，这部小说写的是“雇佣劳动者的崛起”和“资本与劳动的斗争”。主人公是绮尔维丝的儿子艾蒂安纳。他因信仰社会主义而被里尔市一家工厂解雇，好容易在蒙苏矿区当上矿工，继续革命宣传。他看到一万多名矿工在资本主义沉重的剥削下痛苦呻吟，不少人酗酒、消沉；但也有愿为社会正义而奋斗的人，例如矿工马厄一家。这时正值经济危机时期，矿主欲趁机压低工资。艾蒂安纳领导工人举行了罢工。罢工持续数月又演成暴动。资本家召来军队进行了血腥的镇压。艾蒂安纳撤进矿井坚持斗争。当一部分走投无路的工人复工时，无政府主义者苏瓦林捣毁排水设备，造成矿井崩塌。艾蒂安纳幸而得救。罢工暂时失败了。但在工人鲜血浸润的大地上，不久就会有新的斗争萌芽。——《萌芽》，是左拉的现实主义达到最高成就