对洪门总注册采取阳奉阴违的态度。
9月28日。清廷催促川督锡良速开办川汉铁路。
奉天永陵工程已完工，清廷命钦天监选择吉日恭请神牌还御。
9月29日。《海外丛学录》在东京创刊。云南留日学生田宗龙、刘昌明、陈诒恭创办，月刊，设有论说、政法、教育、武备、外交、实业、史地、科学等栏目，以开民智、辟新学、张国势为宗旨。该刊目前仅见一期。
御史王诚羲参陕西盐改官运，弊大于利，及文武大员酿成重案，经崧蕃确奋，陕盐改办官运，各种流弊，自应即行停止，仍收加厘。陕西候补直隶州知州李显诚，暴虐商民，欺蒙酿祸；尽先副将刘琦，行同市侩，纵勇殃民，均即行革职。署按察使本任延榆绥道严金清、候补知县王荣绶，主持官运，鱼肉百姓，均交部严加议处，以示惩儆。
法舰以保护教堂为名，驶抵鄱阳湖。
周廷弼创办的上海升昌五金煤铁总号注册，资本19万元。
9月30日。外务部致电驻藏大臣有泰不得在《拉萨条约》上画押。
本月。汪笑侬改良传统戏曲。著名艺人汪笑侬根据《波兰哀亡史》改编成戏曲《瓜种兰因》，在上海春仙茶园上演，引起强烈反响。不久，汪笑侬又编排上演了《党人碑》、《缕金箱》、《桃花扇》、《骂阎罗》等戏，均表达了对清政府腐败、屈辱媚外及社会的不满。借传统戏曲表现忧国忧民的现实主义题材，汪笑侬开创了先河。
《新新小说》在上海创刊。新新小说社编辑兼发行，总经销处是开明书店。在晚清的文艺期刊中，《新新小说》是一个比较重要的小说杂志，以宣传侠客主义而著称。该杂志在出版的3年中仅刊行10期。刊物未标明主编是谁（一般认为是陈景韩），所载内容多是陈的作品，署名“冷血”。作者名字皆是笔名，如侠民、无悔、嗟予、公奴、中原浪人等。该刊编辑旨趣开始十分繁杂，只是自第3期开始，才声明以12期为一主义，头12期以侠客为主义，并在目录页刊名下标以“第一集世界侠客谈”字样；第1期冷血的《侠客谈叙言》，就是一篇阐明侠客主义的文字。刊登的侠客小说，不仅有中国的，还有外国的。
黄兴派刘揆—主持授予马福益少将仪式。本年华兴会成立后，黄兴另设同仇会，专门联络会党，并仿效日本将、佐、尉军制，编列各项组织。黄兴自任大将，兼会长职权；刘揆一任中将，掌管陆军事务；马福益任少将，掌管会党事务。本月，黄兴派刘揆一等至浏阳普迹市，当时正值召开牛马交易大会，赶集者数万人，刘揆一等趁此机会主持授予马福益少将仪式，并给马福益长枪20支，手枪20支，马40匹，并监督宣誓。
丁芝孙、徐念慈等在上海合资设立小说林社，曾朴任总理，徐念慈任编辑。
10月
10月1日。哥老会首领高东山被控在苏州、扬州一带“行劫典铺”，被捕押送至上海，接受审判。
上海圣约翰书院新校舍落成，为纪念学校创始人颜永京，新校舍命名为“思颜堂”。
10月2日。德麟被革职。前据御史刘汝骥奏参库伦办事大臣德麟，营私舞弊，经奎顺查明，德麟虽查无贪婪骄纵的事实，但办事草率，着开缺来京当差。蒙古翻译色楞扎布，招摇生事，即行革职，驱逐回旗，严加管束。
俄军总攻占领辽阳的日军，鏖战数日，俄军失败，退守浑河北岸。是役，日军死伤1.5万余人，俄军死伤4万余人。
户部通知各省采铜，以铸铜元。
10月3日。墨西哥使臣郦华在乾清官觐见光绪皇帝。
清廷任命朴寿为库伦办事大臣。
清廷下令在川滇和青海边界举办屯垦并招工开矿。
河南清军改习日本兵操。
10月4日。直隶提督马玉昆所部改习日本兵操。
意大利国使臣嘎厘讷带领水师提督克雷由在仁寿殿觐见光绪皇帝。
练兵处派赴日本留学的108名学生由上海乘日轮东渡。
10月5日。俄军自沈阳开始对日军发起****。
外务部电驻藏办事大臣有泰，因藏约10条有损主权，嘱咐有泰不要画押，与荣赫鹏继续磋商。6日，有泰照会荣赫鹏，接外务部电示，藏约10条欠妥，请改订。
广西清军收复被会党攻占的罗城县城。
10月6日。清廷调刘春霖为湖南布政使，张廷燎为广西布政使，张绍华为云南布政使。
清廷命商部派员会查盛宣怀所办路矿的出入款项。前据给事中潘庆澜奏，铁路公司将京师正阳门外城根等处余地，招商开设煤厂，但未交纳地租提归户部。因此清廷命商部派员，会同盛宣怀将其所办路矿历年出入款项，确实查明上奏。
贻谷奏报乌兰察布盟仇教案最后处理情况。光绪二十六年（1900年）七月间，乌兰察布盟四子郡王旗发生仇教案，杀死教士教民，焚掠教堂。事件发生后，清廷严令查办。二十八年五月二十九日（19