积极抗击俄军。吉林通化、海龙、兴京等地抗俄义军首领在奉天（今沈阳）辽阳会议抗俄问题。24日，抗俄义军约3000人突袭铁岭沙俄辎重队，俄军死伤约600人。
6月23日。柳州发生兵变。广西柳州驻军绍字三营发动兵变，攻占柳州城。绍字三营是由清军统领祖绳武招降广西起义军陆亚发部整编而成的。但清廷对这营官兵一向很不放心，整编不久，两广总督岑春煊就决定将其调到广东遣散。陆亚发得知这是一个调虎离山之计后，于出发前夜发动兵变。兵变士兵紧闭柳州城门，行人不准外出，他们还断绝了与外界的一切联系。次日凌晨，他们又攻入县衙，杀死知县，释放监狱中所有人犯并将他们武装起来。祖绳武的统领衙门也遭到围攻，卫队被歼，祖绳武拼命突围后于27日晨自杀于柳州城外。变兵共缴获兵饷20多万两，枪械几千枝。后因清军援兵将至，变兵才从柳州转移。
清廷颁布《商标注册试办章程》，这是中国历史上第一个商标法。
6月24日。上海总商会要求平等对待华商与洋商。上海总商会为维护华商的利益，分别致函驻沪外国领袖领事、公共租界工部局及在沪各国商会。函中希望在振兴上海商务方面能协力同心，彼此扶助，华洋一例，革除华洋之间的误会、争论，要求工部局凡遇华商与洋商发生钱债纠纷，不可苛刻虐待、任意拘拿华商。
6月25日。直隶总督袁世凯下令禁止教士干涉案件。
江西开办磁土公司。
6月26日。清出使奥地利大臣杨晟到任，原大臣吴德章卸任。
6月27日。清廷喻令各省督抚认真考核州县吏治。清廷喻令指出，中国官民隔绝，积习已深。各省州县官多深居简出，不关心百姓疾苦，不秉公执法，鱼肉百姓，为害无穷。因此清廷要求各省督抚要考查州县，为地方兴利除害，对于学校农工各要政，要悉心筹划，克尽职守。从今年开始，年终各督抚将各州县官员列出衔名、年龄、籍贯清单，注明何年何月何日到任，经征钱粮完欠分数，及有无命盗各案，诉讼已结未结若干起，监禁羁押各若干名，均令据实开报，不准讳饰。任内兴建学堂几所，种植工艺巡警诸要政是否举办，一并分别优劣，开列简明事实，不准用笼统宽泛之语。奏到后交政务处详加核查，分起具奏。请旨劝惩，并将各省奏单刊入官报，与众共知。各省书吏、差役也要严行裁汰，于吏治民生，极有关系。各省督抚，务当破除情面，查吏安民，切实遵办。
《萃新报》在浙江金华创刊。浙江革命党人刘琨、盛俊、张恭等创办，半月刊，仅出4期，旋被清廷封禁。该报设有社说、上谕、学说、政法、教育、军事、哲理、地理、科学、计学、实业、卫生、女界、时论、纪事、文件、丛谈、小说、文苑等栏，其主要内容是：揭露当时严重的民族危机，鼓吹爱国救亡；介绍西方社会政治学说和西方国家的各种制度；提倡兴办实业和教育。由于金华过去没有出版过报纸，虽然《萃新报》的政治态度比较温和，但鼓吹爱国救亡、提倡输入西方近代文明，在清廷看来，已属大逆不道，于是出版不久即被封禁。
日军第四军与第一军联合攻克分水岭，其地为辽阳、海城之侧面。
6月29日。山东聘德国人斯曲尔门为海关总税务司。
两江总督魏光焘电请政务处添造鱼雷艇10艘，防守长江。
本月。商务印书馆及上海各书店销售梁启超所著《饮冰室合集类编》。
袁世凯宣布编成北洋常备军一、二、三镇，每镇辖步、炮、马、工、辎共21营，三镇计有63营。
7月
7月1日。湖南长沙辟为商埠。
西藏地方政府与英军在江孜谈判，英军以武力要挟，提出要承认英国在西藏政治特权等要求，被拒绝。
7月2日。江苏镇江数名地方官被查办。因设警察不及时，致使当地匪徒滋事处理不善，委员候补知县窦镇山、从九品俞箴玺、署丹徒县知县洪尔振，均交部议处。江苏常镇道郭道直、镇江府知府祥福，一并交部议处。清廷命江苏省认真整顿，派妥善人员接办，一定要去除积弊而收实效。
7月3日。武昌科学补习所成立。革命党人刘静庵、吕大森、曹亚伯、胡瑛等在武昌成立湖北革命团体科学补习所。吕大森任所长，胡瑛任总干事，曹亚伯任宣传，时功璧任会计，宋教仁任文书，康建唐任庶务，会员约40余名。同时，确定刘度成为武高等学堂代表，陈应甲为武普通学堂代表，刘静庵为前锋营代表，朱子龙、李胜美为工程营代表，宋教仁、欧阳瑞骅、刘复基为文普通学堂代表，朱子陶、易本羲驻所办事。地址开始设在武昌多宝寺街，后因所务发展很快，遂迁至武昌魏家巷一号。科学补习所对外以补习科学为名，招收在校学生课余补习；对内作为革命党人的活动机构，以“革命排满”为宗旨，在学校和新军中进行革命活动，介绍爱国学生和会党成员加入新军。同年10，月，因华兴会计划在长沙起义事泄，清政府发觉科学补习所与谋，派兵搜查魏家巷所址，幸亏事