安徽巡抚恩铭电外务部，请照会英使饬麦奎离皖：英商所派矿师麦奎，径赴皖铜官山矿区，占住山庙，建房修路，运送机器、炸药，强行开矿，并将矿石外运，甚至挖损乡民祖坟，枪伤路人，拒绝与中国官员交涉，企图激愤村民，挑起事端，以便趁机肆意勒索。于是，皖抚电请外务部与英使交涉，令麦奎离皖。在中英磋商期间，麦奎仍逗留不去，强行将机器搬送进山。12月29日，安徽巡抚冯煦咨外务部，请再次照会英使，饬令麦奎速离铜官山。
6月4日。何福塑受命总办同蒲铁路。1904年，晋省绅商禀请巡抚张曾奏准开办同蒲铁路。本年春，晋省京官公举前甘肃布政使何福总办山西同蒲铁路，经商部奏准。
6月6日。清廷设考察政治馆，并任命该馆提调。清廷命内阁学士兼礼部侍郎衔宝熙、江苏常镇通海道刘若曾以三品京堂候补，任考察政治馆提调。并令政务处王大臣督饬考察政治馆各员，将中外政治悉心考察，详加编纂，以备借鉴采纳。
6月7日至12月7日。日本强行设立“南满洲铁道股份公司”。本日，日本天皇发布第142号敕令，公布《南满洲铁道股份公司条例》，宣布设立南满洲铁道股份公司。公司本部设于东京，在大连设分公司。日本政府设公司监理官监视公司业务，并可直接发布命令监督公司业务；关东军司令官认为军事上必要时可向其发布指示。公司决议及职员行为，如有违反法律命令或公司目的、妨害公益或不执行监督官命令时，政府有权取消其决议并裁撤其职员。政府认为必要时，得以帝国铁道各法规适用于该公司。条例附则还规定：日本政府设创立委员，处理该公司一切创办事务；公司成立后即将其事务移交总裁。7月13日，日皇任命南满铁道股份公司设立委员80人，以参谋总长儿玉源太郎为委员长（本月24日儿玉去世，翌日以陆军大臣寺内正毅继任）。8月1日，日本又以递信（交通）、大藏（财政）、外务三大臣的名义，签具关于管理南满洲铁道股份公司一切事务的命令，规定：公司经营的具体范围，即大连至长春、南关岭至旅顺、大房耳至柳树屯、大石桥至营口、烟台（奉天辽阳属）至烟台煤矿、苏家屯至抚顺、奉天至安东等铁路的运输事业及铁路沿线的矿业、水运业、电气业、仓库业、土地房屋及日本政府许可的其他事业。公司资本总额两亿日元，其中日本政府出资一亿日元，以既成铁路及其附属财产、抚顺、烟台煤矿等抵充。其余股份可由中日两国人民中募集，中国政府也可出资。该公司非得日本政府之许可，不得处理重要权利及财产，或以之作抵押。日本政府认为必要时，限于特别事项，可命该公司减低运价，并有权命令公司变更其经营的事业。该公司依政府指定，无论何时，以铁路、土地及其他对象，负供给日本政府使用之义务等。9月13日，公司召开成立大会，后藤新平为第一任总裁。11月10日，清外务部照复驻京日使林权助，不承认日本所设的“南满洲铁道公司”。但日本我行我素，12月7日，公司注册，正式成立。南满洲铁道股份公司名为铁路公司，实质上是日本对华进行经济侵略的一个官方组织。
清廷派黄浩出席万国农学会。意大利创设万国农学会，本年召开首次会议，驻华意使邀清廷派员赴会，外务部奏请派驻意公使黄浩就近出席会议，清廷允准。
学部拟定女学章程。
6月12日。杭州机户、工匠万余人联合罢工。抗议物价上涨。
学部奏准派各省提学使赴日本考察教育行政事宜。
6月13日。外务部奏准设立储才馆。为培养和储备外交人才，经外务部奏请，清廷准设立储才馆。外务部拟有《储才馆暂行章程》25条，规定储才馆设提调、帮提调各一人，总理馆务；设文案、支应、庶务各一人，分办文牍、经费、总务等。以上人员均从外务部司员中选派。储才馆招收的学员包括在职官员、留学归国毕业生、各省学堂毕业生、调京备用人员等，均给薪俸。学习期限为三个月，提调认为必要时也可延期。综合考评合格的留外务部派用，不合格的学员回本省当差，学生送交学部派用。
贵州学政朱福铣奏请明定全国学生为德意志国家学派。他认为当前“学术多歧，士气不靖”，醉心于欧化者，多为法兰西之自由学派，“逆节悖理，习为固然”。请明定全国学生为德意志之国家学派。国家学说，创立于德国的伯伦，其理论观点与卢梭的民约论相反，日本因提倡它而致强盛，中国亟宜仿行，以改变学界当前的局面。
天津北洋女子师范学堂开学。傅增湘为监督。
6月14日。商部奏准各省所设机器局兼自造各种机器。御史顾瑷奏请广设工艺厂自造机器，经商部复议，由各省所设机器局兼造各种机器，招工设厂，辗转传习，广开民智，若中国工匠及出洋毕业生确有能力制造机器者，可奏明准酌借官款，资助其成功。本日，清廷准所议行。
6月15日。江西九江府瑞昌县乡民抗税暴动。有1000余人因厘税分卡抽税过重相聚起事，毁厘卡，并武装抵抗清军镇压，相持数日