对自己的音乐创作进行了痛苦的重新估价和调整，他想藉此重新获得创作和发表作品的权力，同时也得到真正创作上的新生。如果一定要他对批评做出一个姿态，那么他做出了，他“对正确批评的回答”即著名的《第5交响曲》（Op，47），首演于列宁格勒。这部作品的创作完全限定于调性结构之内，肖斯塔科维奇知道这是能够为官方所接受的最基本的底限。这是一部充满悲剧和激情的作品，它的终曲——充满几近攻击性的节奏和将和声与并置野蛮地扭转了的旋律——最后结束子一个尖声惊叫一般的D大调。当时这部交响曲被认为是苏联艺术的一项超出预期的巨大成就；不过后来又被一些评论者断定为一次完全空洞无意的胜利。不管如何解读和评价，其音乐所具有的真诚和成就的巨大是不容抹杀的，是令人敬畏的。
1938年，除了体验到初为人父的喜悦之外，肖斯塔科维奇创作的《第1弦乐四重奏》——最后结集而成著名的15首弦乐四重奏——确证了他艺术创造生命的重生。这一首四重奏，与巴托克的弦乐四重奏一起构成了20世纪这一音乐体裁所达到的最伟大成就。肖斯塔科维奇写作《第1弦乐四重奏》时几乎只是作为艰难地完成《第5交响曲》之后，使身心得到松弛的消遣。不过到他在1944年写作《第2弦乐四重奏》时，在他根本性的艺术表现方法上已产生了微妙而又具有决定意义的变化。在《第6交响曲》（1939）中，他已脱离了直接的以情感人，倾向于更为令人费解的旋律表达、极强的讽刺因素，而所谓“不会引起争议”的音响效果则越来越少。1941年的《第7交响曲〈列宁格勒〉》写成了一部公众作品，或称“为人民的音乐”，表现列宁格勒的居民在德国军队围城期间（1941~1943）所遭到的无法忍受的痛苦。从此以后，肖斯塔科维奇的交响曲总是以某种方式强调和表现超出于一己，关爱他人的公共性的主题或思想；他自我的私密性意图则深深地隐在作品深处，只有知情者才能看得出来。只有在他的一系列弦乐四重奏中，他才能够相对安全地表现他最私人化的情感和思想。
虽然肖斯塔科维奇因体弱（包括视力太差）未应召入伍，他在战时的生活仍非常动荡。因德军围攻列宁格勒，他不得不离开这座城市。于1942年安顿到莫斯科，并开始在音乐学院任教。同时他加紧创作《第8交响曲》（1943），这是苏联人民因被纳粹战争剥夺、压迫所发出的反。抗的怒吼。肖斯塔科维奇的这种无法消解的悲观主义和他无法写那些“积极向上”的音乐（所谓的第9交响曲《胜利》［1945］完全回避了所有“胜利主义”思想，而集中于古典式的自信和智慧），最后终于导致了1948年那次臭名昭著的作曲家协会的“批判”大会：会上，他（与普罗科菲耶夫一道）被可恶的职业党政工作者日丹诺夫公开斥责。肖斯塔科维奇进行了勇敢的反击，同时他也承认自己偏离了严格意义上的斯大林主义的政策。此后，经过了长达5年的停顿，他才写出了下一部交响曲——正是在斯大林去世的那一年。与此同时，除为了平息对他的指责而创作的一些分量较轻的作品，如康塔塔《太阳照耀我们的祖国》（1952）、电影配曲《攻克柏林》（1949）外，肖斯塔科维奇还继续创作极具个人色彩的作品，如组歌《犹太民间诗歌》（1949）、第4和第5弦乐四重奏（1949年和1952年），以及值得注意的《24首前奏曲与赋格》（为钢琴而作，Op。86，1950~1951）。
1953年，随着斯大林的去世，苏联的生活面貌发生了根本性的变化。肖斯塔科维奇能够谱写他的《第10交响曲》（Op，93），一部献给“我们这一代的渴望”——寻求和平的作品，而不必再害怕受到责难了。这是一都相对较短的交响曲，不过其内涵与前几部更为复杂的交响曲一样熠熠生辉。这部作品写得极富才华。是他最出色的交响曲之一。次年，肖斯塔科维奇蒙受了丧妻之痛，不过两年后他就再次结婚了，新的人生伴侣是一位年轻的教师，名叫玛格利塔，凯诺娃。此后到60年代前，他值得提及的成就是几部出色的协奏曲；在1955年他又完全重写了原创于1947年至1948年的《第1小提琴协奏曲》（甚至给了它一个新的作品编号）。他的《第2钢琴协奏曲》创作于1957年，《第1大提琴协奏曲》完成于1959年。此外还有《节日序曲》与《第11交响曲（1905年）》（Op，103，1957），这部作品又与《第12交响曲〈1917年〉》（Op，112，1960~1961）构成了宏大的标题交响曲二部曲。肖斯塔科维奇将这种音乐创作的方式愉快地回溯到穆索尔斯基：“音乐能够攻击邪恶吗？它能使人们停下脚步认真思考吗？它能大声疾呼，使人们注意到他们已经习焉不察了的种种卑鄙的东西吗？……所有这些问题都是我受穆索尔斯基的启发而提出的。”
1960年代，当肖斯塔科维奇已步入中年晚期时，他又写了两部交响曲。第一部即《第13交响曲〈巴比沟〉》，与叶夫图申科激情四溢的诗歌文本相当合拍，诗歌完全融入了