和平民的行为并不太清楚，甚至大部分人都不相信南京大屠杀。这是因为日本实行严酷的战时新闻管制，并严令日军官兵与家人通讯时不得提起战争期间的犯罪和不道德行为。国际上很多国家的人民也不清楚这一事件。因此，经中国法官梅汝璈提议，军事法庭同意将南京大屠杀作为一个独立单元进行审理。但南京大屠杀的审判刚开始，面对法官的质询，原日本华中派遣军总司令、南京大屠杀的制造者松井石根就极力狡辩、抵赖、推卸和否认。为此，经法庭同意，检察官助手裘劭恒带了两名美国人专门回国调查取证，获得了大量的证据，并带来了大屠杀中的幸存者伍长德和许传鲁。现场目击者金陵大学的美籍教授贝斯蒂、传教士史密斯、英国人罗伦斯、牧师约·梅奇等人向法庭提供了确切无疑的证词。同时，中国法官还找到一份由德国驻南京大使馆发给德国外交部的秘密电报，内容正是关于日军侵占南京后的暴行。这份电报描述了日军在南京杀人放火、强奸抢劫的情况，结尾这样说：犯罪的不是这个日本人或者那个日本人，而是整个日本皇军——它是一部正在开动的野兽的机器。因纳粹德国当时是日本的盟国，而这份材料作为证据，无疑是真实可信的。
受害者与目击者真实的血泪控诉，触目惊心的证据材料引起了法官们的极大重视，终于使当年不可一世的松井石根在法庭上惊慌失色，被法庭宪兵拖出法庭。
最后，远东国际法庭对于在中国发生的南京大屠杀做出了如下判定：在侵华日军占领南京的最初6个星期内，被屠杀的平民和俘虏总数达20万以上。这已是远东军事法庭最慎重、最保守的估计。而据后来中国方面公布的数据，在南京遭到侵华日军屠杀的军民就达30多万。
随着南京大屠杀案件审理的结束，整个审判也开始进入了被告战犯的个人辩护阶段。1948年11月4日，审判长韦伯对25名甲级战犯宣读了最终判决。长达1 231页的判决书详细列举了各战犯的罪状，韦伯宣读了8天。11月12日，韦伯宣判：所有日本被告，有罪！判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎7名战犯绞刑，其他战犯被判为有期徒刑和无期徒刑不等。
被判无期徒刑的战犯有16名：荒木贞夫（陆军大将，日本前文部大臣），梅津美治郎（陆军大将，日本前陆军参谋总长、前关东军司令），大岛浩（日本前驻德国大使），冈敬纯（海军大将，日本前海军省军务局局长、海军次官），贺屋兴宣（日本前大藏大臣），木户幸一（侯爵，日本前内大臣、前文部大臣），小矶国昭（陆军大将，前朝鲜总督，日本前首相），佐藤贤了（陆军大将，日本前陆军省军务局长），田繁太郎（海军大将，日本前海军大臣、前海军军令部总长），白鸟敏夫（日本前驻意大利大使、外务省顾问官），铃木贞一（陆军中将，日本前内阁企划院总裁兼无任所国务大臣），南次郎（陆军大将，日本前关东军司令、前朝鲜总督），桥本欣五郎（陆军大将，中日战争的煽动者、日本翼赞政治会总裁），俊六（陆军大将，日本前华中派遣军总司令），平沼骐一郎（男爵，日本前国务大臣），星野直树（日本前书记官长兼国务大臣）。
被判为有期徒刑的战犯有2名：重光葵（7年），日本前内阁外务大臣 ，假释后于鸠山一郎内阁服务。东乡茂德（20年），日本前内阁外务大臣，判决前病死。
其他战犯的情况是：永野修身，海军元帅，日本前海军部总长（1947年1月15日病死），杭冈泽在，日本前内阁外务大臣（1946年6月27日病死），免予起诉。大川周明，日本法西斯理论的主要倡导者，受审后即患精神病而停止审讯。