而成为他的心腹，几年后反而与国民党军队对抗，成为中国红军三大主力之一的第四方面军总指挥。
黄埔军校的正式名称是中国国民党陆军军官学校，却为共产党培养出大量军官，很多人觉得无法理解。其实从军校建校伊始，共产党一直都是学校不可缺少的一部分。孙中山改组国民党后，一些共产党员以个人名义直接加入国民党，共同担负起反帝反封建的革命重任。以周恩来为例，他就是以共产党员的名义，担任了黄埔军校的政治部主任。
但好景不长，国民党内部左右两派斗争激烈，随着排斥共产党、提高国民党地位的观点逐渐蔓延开来，国共合作出现阴影。当时黄埔军校里有两个较大的学生组织，分别是“青年军人联合会”（下称“青军会”）和“孙文主义学会”，国民党左右两派的内部斗争就是通过这两个组织的争斗表现出来。
黄埔军校的“青军会”是由黄埔一期“状元”、共产党员蒋先云号召发起的，在不到两年的时间里，发展会员两万余名，吸收了军校里的国民党左派和共产党员。蒋介石听闻这一团体发展迅速，便成立了以国民党右派为主的“孙文主义学会”，谋求制衡。
令蒋介石意想不到的是，两个组织不仅未能消除彼此的争吵，摩擦还有不断加大的趋势，恶语相向甚至大动拳脚者亦有之。1925年5月的一天，发生了轰动一时的黄埔军校枪击事件。因青军会成员要求申领彩纸，由于印刷传单时的一件小事，军校管理处处长“孙文主义学会”执行委员林振雄与军校政治部秘书、共产党员李汉藩发生口角，随后拳脚相向。其间林振雄向李汉藩开枪，虽然幸未击中，但“青军会”与“孙文主义学会”各自纠集一批成员发生火拼，经多方调停后，局势才没有进一步恶化。
虽然这次斗殴很快结束，但“孙文主义学会”成员四处散布共产党“阴谋暴动”的谣言，使得国共两党的矛盾愈演愈烈。
1926年3月20日，发生“中山舰事件”。面对国民党内各派的重重压力，本就生性多疑的蒋介石听信了中国共产党有意发动暴动的传言，立即采取行动扣押了海军局代局长、共产党员李之龙的中山舰，收缴卫队武装，包围苏联顾问团住处，赶走了黄埔军校里以周恩来为首的共产党员。后来国共合作的协议被国民党单方面撕毁，两党走向了完全对立的道路。
1927年4月，随着北伐的顺利推进，蒋介石开始着手清党，发动了四一二反革命政变。他先是派出青红帮流氓打手冒充工人，袭击了上海的14处工人纠察队，然后派第26军以“调解纠纷”的名义，收缴了工人纠察队武装，打死纠察队员达300多名。
4月15日晨，黄埔军校国民党特别党部宣传委员会政治顾问、著名共产党人萧楚女在医院接受肺癌治疗的时候，被军警强行送入监狱，于22日在狱中被害。
至此，黄埔军校建立的革命队伍，就这样分化为无法融合的两极。一手创办该军校的孙中山先生不会想到，有一天这些曾同窗共读、并肩作战的黄埔军人，最终却因政治歧见而同室操戈，展开了为期两次的国共内战。