传突变（镰状细胞性贫血）和普通红细胞相比没有给疟疾寄生物提供太好的繁殖条件。这就在导致欧洲和其他外来者迅速死亡的国家中非洲人却存活了下来。另一方面，从父母双方身上都遗传这种镰状细胞性贫血的特性是非常致命的，只有携带一半正常的、一半镰状细胞性贫血基因的人才可以对这种疟疾有免疫力。
黄热病是第三种由虫子携带的疾病，这种疾病也在非洲广泛分布并且对非洲人产生了非常严重的影响。考虑到这种疾病就可以理解至少比起欧亚等地地理条件优越的地方来讲，撒哈拉以南的非洲整个大陆直到19世纪仍然是有很少的人居住。
第三个拖累非洲的因素，是地理上的障碍，即运输和交通的困难。由于非洲大陆大部分地区都在海平面以上，因此，河流在入海口处十分湍急。这样会中断河流运输，并且让海上物资很难进入到几十英里远的内陆。而尼罗河和尼日尔河却是例外。在这两条河中在内陆深处才会有些落差。因此，非洲最早和大部分高度发展的文明在尼罗河谷和尼日尔河谷兴起完全不是偶然的。在这些河流中组织长距离、大规模的船只运输物资相对比较容易；这样统治者就可以在一些地方集中大量的食物和原材料，而专家们就可以在这些地方开发出我们通常称之为“文明”的技术。
在那些只能以驮畜群和搬运工运输物资的地方，将大量食物和物资集中到一个地方代价很大，所以很少有剩余的物资供专家使用。因此，在非洲大部分地区都产生繁荣的文明是不可能的。可以肯定的是只要在一些地区发现了罕见的珍贵物品例如黄金、盐和铜等，规模相当大的村落肯定会出现在这里。例如罗得西亚的津巴布韦采矿中心可能就是一个例子，那里存在的大量遗迹让早期的研究人员十分困惑。
非洲地理条件为强大国家的出现和贸易者长距离的流动带来了很大的局限，而就是这一点也确保了非洲比世界任何地方都存在更加多样性的文化、语言和人种。另外，在北非和部分东非的地中海地区的人的体型类似于南欧人和中东的阿拉伯人，非洲是居住在刚果热带雨林地区以狩猎和采集为生的俾格米人和生活与非洲大湖区、也是世界上已知最高的马赛人的故乡。与其他民族关系紧密但是又与非洲大陆其他民族有很大差异的是布西曼人和霍屯督人（经常与白种人混居），布西曼人生活在喀拉哈里沙漠附近、而霍屯督人存在于好望角地区。
在非洲分布最广的人种被称之为尼格罗人种。在这个一般的分类中，部落间和村庄间的人体差异都是非常明显。只是因为在1850年以前当地的非洲的群体在大部分时间中都能够有效地保持与陌生者的生物和文化上的隔绝。这就让每一个群体形成了自己独有的体形特征。另一方面，与陌生者规律而频繁的交往可以导致生活状态的开化。很明显的是在不同的非洲地方群体中不可能有基因融合和遗传基因的完全变化。
由于地理和技术因素使得非洲的交流已经很不方便了，而非洲人讲数百种不同的语言更是加剧了这种困难。阿拉伯语在北非和东南部沿海一带成为一种贸易和文化用语。阿拉伯语也深入到位于撒哈拉沙漠以南和沿海雨林以北的西非草原地区。在这些条件相对优越的地区，很久就产生了农业和发展程度较高的国家。在公元1050年之后这些地方受到了强大的穆斯林影响。因此，当地的国王和君主引进伊斯兰专家教授神圣的穆罕默德箴言。但是在撒哈拉沙漠以南的非洲阿拉伯语仍然是学术用语，如同中世纪欧洲的拉丁语一样。在讲不同地方语言的人群中阿拉伯语成为共同交流的纽带。
另外一个大的语系是班图语。将这种变化相对较少的班图语的部落散布在整个非洲中部和大部分南非地区。而在不同的班图语中这种密切的相似性说明了这些民族只是近期才逐渐四散。大约在公元前后班图人掌握了栽培印度尼西亚的块根作物和使用铁器、并且成为了刀耕火种的农民以后才有能力穿越刚果热带森林时，他们开始了从大概位于贝宁湾附近地区的扩散。后来一些讲班图语的部落出现在刚果热带雨林以东的草原上。在那里他们得到了家畜。随后他们沿着东非和南非草木繁盛的高原向北、向南扩散。由于镰状红细胞性贫血的突变而产生对疟疾的免疫或许是班图人拥有的主要优势之一。在雨林中他们侵略俾格米人；在草原上班图人出现以前，霍屯督—布西曼人就消失了。
在东部沿海的城市中，一种贸易语言斯瓦西里语是由阿拉伯语和班图语混合发展而来的。除了阿拉伯语以外，讲闪米特语的地区主要在分布在埃塞俄比亚周围。但是在西非大部分地区、特别是在尼罗河上游和大湖地区，混乱的语言将人们分割成彼此不可理解和几乎没有语言联系的群体。
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直到大约19世纪中期，一种促进变革的强大力量一直作用于非洲。穆斯林自北向东影响着非洲，同样欧洲自西向南影响着非洲。但是这些外部因素只是一方面。在非洲内部不同寻常而急剧的建立国家是其全部事业，而处于大陆边缘地位的穆斯林和欧洲人则对此有着不同程度的支持或阻