运动是向合法的教会权威挑战，而教会一直忍不住宣布这些改革运动为危险的异端。这就是英国的约翰·威克里夫（卒于1384年）和波希米亚的约翰·胡斯（卒于1415年）的命运，他们从来没有吸引大批信徒。1417年通过康斯坦茨宗教会议而恢复的教皇君主国，愈合了教会大分裂，但是这使此后一个世纪里异端难以兴盛。特别是在西班牙，宗教统一和政治忠诚趋于同一了。几个世纪反对摩尔人（只在1492年才被从格林纳达驱逐）战争培育出来的十字军精神继续鼓舞西班牙在欧洲和海外的帝国扩张活动。教会与国家之间独特的紧密关系形成了。在其他地方，教皇和君主通常在向教士征税方面进行合作，但是双方在其他方面的冲突与合作一样多。
罗马教廷自称拥有对意大利部分地区的主权，有些教皇对半岛政治权力的追求超过对其前辈力图获得的基督教世界精神领袖地位的追求。在意大利其他地区和德国，主教和修道院长常常效仿教皇。
在这种追求世俗华丽的宗教背景下，马丁·路德（卒于1546年）以一个罪人如何获得拯救的自身痛苦经历为基础形成的认识就像复仇天使的宝剑迸发出来的火花。最初路德只是挑战出售赎罪券的有效性。这种声称能够从炼狱中拯救人的灵魂的文件的出售，已经被商业精神组织起来，成为修建罗马圣彼得大教堂筹款计划的一部分。根据传统经院哲学辩论的习惯，1517年路德在维滕堡教堂大门张贴95条论纲，公开否定赎罪券的价值。但它已经不是学术争论的事情，路德的观点像野火一样燃遍德国各地。公开与教廷权威争辩的结果驱使路德立即更激进而完整地阐述了他的主张。1520年写作的三本义正词严的小册子——《致德意志民族贵族书》、《教会的巴比伦之囚》和《基督徒的自由》——确立了路德派教义的核心。后来，争论发展成天主教、路德派和其他新教派的许多不同教义形式。这场神学分裂的中心是宗教权威问题。路德把自己的改革建立在《圣经》和上帝免费赐予得救的个人经的基础之上。他还否定教士是罪人与上帝之间必要的中介，勇敢地宣称每个信徒都是自己的牧师。
印刷术把路德的观点迅速而广泛地传遍德国各地及其邻近地区。他的抗议聚集了大批打着教会改革旗号的不满者，例如，在德国吸引了许多自认为因被外国人征税和剥削而感到苦恼的人；但是德国民族主义的这种表达方式很快就因皇帝查理五世、德国其他重要统治者拒绝变成路德派教徒而被扼杀了。
因此，新教运动没有变成德国的，而是变成全欧洲的，特别是加尔文在日内瓦建立大本营（1541年）并使它成为活跃的宗教宣传中心之后。例如，英国于1534年宣布与教皇断绝关系，但是英国教会只在一定程度上变成了新教国家，而且主要受到来自日内瓦的刺激。与此同时，荷兰人和苏格兰人把加尔文教变成了占支配地位的教派。相反，在法国，政府仍然保持了天主教信仰。法国新教历经辉煌的开端后，1600年左右就失去了锐气。在意大利，新教从未得到广泛的支持，当被恢复的天主教势力变得明显时，它就萎缩了。另一方面，斯堪的纳维亚变成了路德派，与几乎一半德国人一起。欧洲各地正在开始兴起的民族主义在决定各自宗教信仰方面发挥了重要作用。