要了一个宰相之职，独揽朝廷内外大权，却整天招着王导的白眼。王敦心里添堵，只好安插亲信，同时在朝廷外，建了一个宰相府，然后又返回鄂州，遥控于朝政。
元帝不甘心当傀儡皇帝，终于郁闷成疾。眼瞅着命在旦夕，只好又重新启用王导，临终托孤，他拽着王导的手，死死不放，有气无力地说：“是朕不好，误听刁协、刘隗谗言，疏远了你。疾风知劲草，国乱显忠臣。太子司马绍，就交给你了；晋朝天下，也交给你了。”说罢，眼还睁着，手还拽着，却驾崩、咽了气。时年，为公元322年。
做乱世的皇帝很累，很短命。元帝享年60岁，53岁当皇帝，只当了6年皇帝，就连累带气，死了。但他还是算最长寿的，后来的数个皇帝，大多都没活过30岁。
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元帝死，太子司马绍登基，是为明帝，立庾妃为皇后，为讨好她，又把王导降职任命大舅哥庾亮为宰相。
明帝一死，王敦再无顾忌，又指挥叛军从鄂州杀奔京城而来。
明帝别看只有30岁，但独立专行，为人处事的谋略，远远胜于他父亲。王敦叛军不断挺进的消息，尽管一日三报，但明帝还是不慌不忙，一日三餐，照常热酒、下棋，直到叛军向秦淮河逼来时，他才力排众议，先任命王导为扬州刺史，后又下圣旨命为大都督，让其率兵，与王敦打仗。
王导离开京城之时，草就了一个《讨王敦》的檄文，历数王敦“十大罪状”，恳请明帝以圣旨下，可让参事随军带给他。
在兄弟手足与君臣之间，王导选择了忠君。他带着苏峻，略施小计，就首战告捷。在秦淮河北岸，他提前下战书，约定大后天，与王敦决一死战。第二天，他却带着王氏族人，搭灵棚，烧纸钱，说王敦已经病逝，明日可一鼓作气，击退叛军。
第四日，两军对垒。还没等王敦开口，王导就说他是“由族人王含假冒”的，让叛军随从，赶快悬崖勒马，弃暗投明。气得王敦口吐鲜血，大叫一声，就晕倒在马下，多亏手下两员大将，拼死命救回王敦。王导乘势指挥大军，一路追杀，收复失地四十里里，大获全胜，才收兵。
第三日，王导又披挂上阵，亲自在王敦帐前叫战。王敦病重不出，高挂免战牌。就在这时，随军太监把《讨王敦》的圣旨，宣读给他。王导接了圣旨，又派使者送给了王敦。王敦一见《讨王敦》，还没怎么样，但被数“十大罪状”时，就觉得脑筋崩裂，大叫一声，口吐鲜血，不止，随即死去。
王敦一死，由族人王含父子接管了所在的军政大权。
王含与王导虽然是没出五服的族人，但论辈分、资历、阅历、能力，都远不如王敦，更不用说与王导相比了。如果说，讨伐堂兄王敦，王导多少还有些顾忌的话，那讨伐王含父子俩，王导就认为是小菜一碟，不在话下了。他指挥朝廷军队，以少胜多，一直把王含父子追到荆州江中，逼得王含父子，双双自杀。从而，平息王敦之乱，止于324年。这一年七月初一，在河南禹县褚裒家，褚裒之妾谢氏，生一女孩，哭一夜，其声十里；笑一日，引百鸟来，其声和鸣。然后就出落得大家闺秀模样，如雨后沐浴的庭院海棠花，水灵灵的遍体生香。接生婆对褚裒笑嘻嘻的道：“徐兖二州刺史、官卫大将军，初一娘娘十五官，给你贺喜了。这千金小姐，将来一定是娘娘的命。您现在给起个名吧？！”褚裒捋着胡须，想了想，接着喜笑颜开说：“那就叫她诸蒜子吧！”
苏峻跟着王导，平息王敦叛乱有功，被明帝大加赞赏和重用，封邵陵公、冠军将军、加散骑常侍、历阳内史，食邑二千户，以抗衡制约王导。须不知，明帝这一举措，则为成帝继位苏峻叛乱，埋下了祸根。
325年，明帝一死，年仅4岁的成帝继位，对朝廷内外事物，一无所知，只好听母后的话，让大舅庾亮专权。
庾亮为加强他的集权，对内压制司马皇家宗室，对外削夺以苏峻为首强藩势力。结果，在不断排斥王导的情况下，把苏峻逼反，直打到京城北门。庾亮一看守不住京城，便丢下明帝及妹妹皇太后，带着庾冰、庾翼等数个弟弟和一帮随从，跑到了浔阳今九江，招兵买马。
可怜一个京城，被苏峻攻破，“纵兵大掠，亲逼六宫，穷凶极暴，残酷无道……裸剥蚀女，哀号之声震动内外。”苏峻与废成帝自立，但迫于王导的威势和阻止，终未得逞。
多行不义必自毙。苏峻的暴行，引起京都内外的同仇敌忾，联合讨伐。庾亮终于在陶侃、褚裒等人的支持下，杀回京都。
兵临城下，骄兵必败。苏峻趾高气扬，见庾亮把建康城给包围了，便主动出击。没想到，接连取得几个小胜后，却马失前蹄，被庾亮的一个手下，杀了。苏峻一死，庾亮便提着他的首级，给守城的其弟苏逸看，结果一战，苏逸被一枪刺死，从而庾亮大获全胜，光复石头城。
已经8岁的成帝见了庾亮，气哼哼的无一句话。后来，通过王导对平定苏峻之乱有功的陶侃、褚裒进行册封。任命陶侃为太尉、侍中；任命褚裒为都乡侯，后累迁司徒、左将军、