明天也许就会被证明是谬误，只是黑色的烟雾，而非有些人曾经以为的雨云，将会普降甘霖滋润他们的田地。有些事从前的人说你不能去做，结果你尝试之后发现你是可以去做的。（第 7页）
他这种反宗教、反政府和反传统的激进个人主义是否值得推崇或许有待商榷，但毫无疑问是《瓦尔登湖》最为鲜明的特征，能够将它与同时代的英国作品区分开来。所以在纳撒尼尔·霍桑担任美国驻利物浦领事期间，某个英国友人要他介绍几本“美国的好书”，霍桑随即写信给他和梭罗共同的出版商威廉·提克诺，信中写道：“你知道的，这些书不能仅仅是好书而已，它们必须是原创性的，具有鲜明的美国特征，是普通英国人不曾见过的。”霍桑列出的书目共有五种，其中两种就是梭罗的《在康科德河与梅里麦克河上的一周》和《瓦尔登湖》。
遗憾的是，正如梭罗研究专家詹姆斯·莱登·尚利指出的，《瓦尔登湖》出版后受到的好评并没有促进它的销量。得益于出版商的宣传，该书上市后前五个星期销掉 689册，这算是不错的成绩，但随后一年只售出 65册，剩下两百多册直到 1859年才卖光，而且在作者生前并没有加印。梭罗本人对此倒似乎不是很在意，依旧凭借自身灵巧的双手从事各种兼职，空闲时继续研究大自然和印第安人历史，其间还在他父亲亡故后接手了家里的铅笔厂。 1860年12月，梭罗在瓦尔登森林考察时不慎受寒，患上了肺炎，不得不中断写一部印第安人历史著作的计划。他的肺炎慢慢变成曾经夺走其哥哥约翰和大姐伊伦生命的肺结核；最终在 1862年5月6日，梭罗在康科德镇的家里因为这种当时无药可治的绝症与世长辞。
《瓦尔登湖》的滞销，很大程度上跟其文本的艰涩和思想的激进有关。这本书特别难以读懂的原因有三个，首先是梭罗大量地引用古代希腊、罗马、印度和中国的典籍，缺乏足够古典学知识的读者几乎是无法领略的；其次是书中出现了许多动物和植物，如果没有一定的博物学基础，读者将不可能了解那些动植物的习性和形状，从而不可能完整地联想起梭罗描绘的画面；最后，也是最关键的，作者很多假设和推断都是建立在超验主义的基础之上的，倘若事先没有看过爱默生等其他人的作品，读者必定经常会有摸不着头脑的感觉。梭罗本人对《瓦尔登湖》的艰深心知肚明，甚至是有意为之，他在第 18章“结语”中写道：
有些英国人和美国人很荒唐，竟然要求你必须说他们能理解的话。可惜无论是人还是毒菌，其成长都不是他们能理解的。好像那是很重要的事情，除了他们没有别的人会来理解你。好像大自然只支持一种理解能力，养活了四足动物就养不活禽鸟，养活了会爬的东西就养不活会飞的东西，而牛能听得懂的“嘘”和“呼”则是最优美的英语。好像只有愚蠢是最安全的。我惟恐自己的措辞行文不够逾规越矩，无法超越日常经验的狭窄边界，不足以传达我所坚信的真相。（第 225页）
总而言之，这本书要求读者接受过良好的教育。但在 1860年，全美国只有 241所大学，能够顺畅地读完《瓦尔登湖》的人应该说是很少的。别说当时的普通读者，就连 20世纪首屈一指的梭罗研究专家沃尔特·哈丁，在给这部作品做注解的时候，也多次承认他无法理解相关的句子到底是什么意思。那些有能力理解《瓦尔登湖》的人，则不见得都赞同作者激进的个人主义思想；例如在 19世纪 70年代和 80年代，指责梭罗行为怪诞、思想偏激的评论家并不在少数。
但是到了 19世纪 90年代，随着美国高等教育的发展和社会状况的转变，越来越多的人开始明白《瓦尔登湖》的价值所在，而梭罗原本显得非常激进的个人主义思想，也渐渐为世人所接受甚至效仿。鉴于梭罗的知名度逐渐提高，学术界对其作品的兴趣与日俱增，在 1906年，由提克诺·费尔德兹公司改组而成的哈夫顿·米弗林公司推出了二十卷本的《梭罗作品集》。自此以后，梭罗慢慢走进了美国文学史，《瓦尔登湖》开始被视为经典。
进入 20世纪以来，学术界对梭罗和《瓦尔登湖》的研究成果可谓汗牛充栋，美国国会图书馆收录的相关专著多达上千种。这位生前寂寞的作家，在身后却拥有众多异代知音：在政治上，他启发了圣雄甘地和马丁·路德·金；在社会上，约翰·巴勒斯、约翰·缪尔等美国环保运动的先驱都尊称他为精神导师；在文学上，他的写作理念和技巧深刻地影响了包括薇拉·凯瑟、马塞尔·普鲁斯特、威廉·巴特勒·叶芝、厄尼斯特·海明威等大西洋两岸的无数作家。 1941年，梭罗协会在康科德镇成立，这是该国历史上第一个以作家命名的协会。 1990年，著名歌星、老鹰乐队的主唱唐·亨利在林肯镇设立了瓦尔登森林保护组织，致力于维护瓦尔登湖的原貌和传播梭罗的思想。可以说，在美国文学史上，并没有第二个作家或者第二部作品获得过这样的殊荣。
24年，普林斯顿大学出版社和耶鲁大学出版社同时推出了各自的《瓦尔登湖》 150周年纪