率风险。这是由于市场利率的变动影响了资金的市场价格，从而给投资者带来的风险。因为国债的主要风险是利率风险。它在发行时，就已确定了票面利率，在债券的有效期内市场利率提高，国债的投资者就面临风险。
其次，具有提前还款的风险。这是由于借款人提前归还部分和全部贷款余额而造成的风险。它主要表现在两个方面：提前还款对于贷款机构意味若提前收回贷款本金，由于贷款机构没有对这笔资金事先选择合适的使用方式而遭受损失；对于借款人，如果市场利率下降，因为市场再筹资成本降低而提前偿还贷款，借款机构就会因为贷款不能获得原先约定的贷款利息收入而遭受损失。
第三，存在违约风险和信用风险。前者是因为总体经济形势恶化或借款人发生变故，导致借款人不能偿还、提前或延期偿还到期债务本息，给贷款机构带来损失的可能性。后者是由于贷款人的社会资信度低下或贷款机构还没有建立贷款信用机制，由贷款人失信而形成管理机构的运营风险。
第四，存在通货膨胀风险。它是因为物价上涨，住房公积金管理机构投资国债的货币收益发生贬值造成收益损失的可能性。在这种情况下，其机构的货币收入虽会有所增加，但由于货币贬值，实际收益率反而下降。