病）等情况，加以综合分析，寻找发病的规律，以便确定不同情况下的治疗原则。他创造性地把外感热性病的所有症状，归纳为六个证候群（即六个层次）和八个辨证纲领，以六经（太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴）来分析归纳疾病在发展过程中的，演变和转归，以八纲（阴阳、表里、寒热、虚实）来辨别疾病的属性、病位、邪正消长和病态表现。由于确立了分析病情、认识证候及临床治疗的法度，因此辨证论治不仅为诊疗一切外感热病提出了纲领性的法则，同时也给中医临床各科找出了诊疗的规律，成为指导后世医家临床实践的基本准绳。
《伤寒杂病论》的体例是以六经统病证，周详而实用，是中医治疗法则的基础，后人还因之衍生出不少养生理论和方法。该书除介绍各经病证的典型特点外，还叙及一些非典型的症情。例如发热、恶寒、头项强痛，脉浮，属表证，为太阳病。但同是太阳病，又分有汗无汗，脉缓脉急之别。其中有汗、脉浮缓者属太阳病中凤的桂枝汤证；无汗、脉浮紧者，属太阳病伤寒的麻黄汤证；无汗、脉紧而增烦操者，又属大青龙汤证。这样精细的辨证及选方用药法则，使医家可执简驭繁，应付各类复杂的证候都能稳操胜券。对于治病法则和方药，《伤寒杂病论》的贡献也十分突出。书中提出的治疗法则以整体观念为指导，调整阴阳，扶正驱邪，还有汗、吐、下、和、温、清、消、补诸法。并在此基础上创立了一系列卓有成效的方剂。据统计，《伤寒论》载方113个，《金匮要略》载方262个，除去重复，两书实收方剂269个，而且这些方剂均有严密而精妙的配伍。
其中许多著名方剂在现代人养生保健中仍然发挥着巨大作用，例如：治疗乙型脑炎的白虎汤，治疗肺炎的麻黄杏仁石膏甘草汤，治疗急、慢性阑尾炎的大黄牡丹皮汤，治疗胆道蛔虫的乌梅丸，治疗痢疾的白头翁汤，治疗急性黄疽型肝炎的茵陈蒿汤，治疗心律不齐的炙甘草汤，治疗冠心病心绞痛的括萎薤白白酒汤等，都是临床中常用的良方。另在剂型上此书也勇于创新，其种类之多，已大大超过了汉代以前的各种方书。计有汤剂、丸剂、散剂、膏剂、酒剂、洗剂、浴剂、熏剂、滴耳剂、灌鼻剂、吹鼻剂、灌肠剂、阴道栓剂、肛门栓剂等。此外，对各种剂型的制法记载甚详，对汤剂的煎法、服法也交代颇细。所以后世称张仲景的《伤寒杂病论》为“方书之祖”，称该书所列方剂为“经方”。