君视臣为草芥，臣视君为寇仇的说法十分不满，认为这话“非臣子所宜言”，诏议罢孟子配享孔庙，以后重又恢复。他还与耆儒论讲道德，兴起教化。制科取士，也一以经义为先，非圣人言不纳，非朱子言不采。康熙皇帝也尊奉孔子，夙好程朱，曾命人编《太极图论》，亲制《四书解义序》，以《理学真伪论》试士林。并还命人刊定《性理大全》、《朱子全书》，尊朱熹配祠十哲之列，重用李光地、陆陇其、汤斌等理学名臣。他对传统经学也十分重视，以为依此可以正人心，厚风俗。并在康熙三十八年（1599年）进行大规模经籍传注的编纂，藉此宣扬忠君思想和三纲五常等伦理道德规范。可以说，与在政权建设上贯彻专制皇权，使之达到封建社会的顶峰相一致，这一时期统治者对思想的钳制，也达到了史无前例的程度。
基于上述政治情势，侠作为个人虽始终存在，有时还颇为活跃，如明人王泽，一家兄弟五人，都好任侠，他本人后来居然出致高位。但作为一种社会群体，不再享有秦汉时的隆盛地位，甚至也没有隋唐五代的赫赫声势。具体而言，在元末农民大起义过程中，游侠活动是颇为活跃的。据《明史》载，郭子兴、张士诚、陈友谅等人，都任侠喜宾客，喜游侠，乡里的人都敬畏他们。他们手下，即多游侠与士。以后如明正统年间，江西人邓茂七为众豪侠推举，聚众起事，自号“铲平王”．接连攻下福建二十几个州县，设官建政，声威大振。清末的石达开素来敬慕游侠，门下食客繁多，大多是两粤无赖儿，每天只是与健儿数十人驰马骑射，击剑舞枪为乐，不久与这些人赴金田参加太平军，也是游侠直接参与并领导农民起义的显例。
明清两代，也有不少游侠挺身而出，为国家民族尽匹夫之责的。《明史》载，嘉靖年间，慈溪人杜槐倜傥任侠，带领县民在余姚一带力敌倭寇，负伤堕马而死。又，《福建通志》卷四十九载：福建谢介夫好勇任侠，阴结死士，偷袭倭寇营地，复又率兵讨倭，力战之下，因援兵不到被害。有些游侠未留下姓名，如隆庆、万历年间，李成梁督辽事，抗击鞑靼察哈尔部的数次入侵，他召集四方健儿，给以优厚的待遇，让他们充当先锋，这“健儿”中就多游侠，故陈子龙《辽事杂诗》称“昔年游侠满辽阳”。他们为保卫大明边防，是作出自己贡献的，其事应该可与唐代的边地游侠同列。
明清换代之际，为了抵抗清兵的侵犯，不少侠客付出了生命的代价。据顾炎武《亭林文集》卷五《拽梯郎君祠记》载：崇祯二年，清兵入遵化，逼近京师，攻下永平，烧杀掠夺。在攻昌黎城时，昌黎县的一个不知姓名的人，被清兵虏获。清兵令他搬运云梯到城下，他待清军登梯兵数人将上城楼时，将梯子拉翻在地，以此抗阻清兵攻城，而自己被清兵斩杀于城下，壮烈殉国。清兵连续攻城六日未能攻下，城池得以保全。
此外，明清两代还有一些文人少喜游侠，至晚年仍念念不忘，津津乐道，如明初林鸿、王恭，明中晚期赵山显等人即如此。还有余翔虽为诗人，却一生流浪江海，任侠好义。清吴县人徐波名列《清史稿·文苑传》，少时也有任侠的喜好和经历。
明清大部分侠客逐渐远离社会中心，作为一种“非正式群体”成员，甚至日渐丧失人格上的独立性和道德自律意识，虽不时仍有仗义疏财、扶危持颠的豪举，但更多的则投入到行险犯禁擅作威福的行列中。一些侠者并投身为豪强权贵的门客或家奴，练习弓马，喜好斗杀，依仗主家势力，横行乡里，欺压族党，甚至欺灭词讼，凭凌儒绅，成为危害地方的罪魁祸首。明谈迁《避暑漫笔》对他们多有贬斥，称此种人不灭，“则郭解之暴，将起于今日矣”。 此外，养客之风虽历千年而不绝，但经魏晋南北朝一直到唐末以后，毕竟日渐衰替，食客日益部曲化、家兵化，乃或向“私客”、“奴客”、“僮客”、“田客”转化，他们不被作为独立户看待，单独建立户籍，而仅以其籍附属于主人门下，成为“客户”，这多少使一些游侠从客观上失去了如秦汉游侠平交公侯，在一定程度上保持人格独立的现实可能。至于那些不喜为人笼养，性情更狂放不羁的，既不愿意勤力田亩，以养家糊口，又不愿平平庸庸，老死篱下，为了生存，不免要投入一些非正当的活动。据明人姚旅《露书》的记载，在当时各色人等之中，有“响马巨窝”一类人，他们大多是游闲公子哥儿，属于游侠豪猾一类的人。家里躲藏着剑客，陈设豪华；去探取别人的钱物，仿佛是拿自己的东西一样。邻里羡慕他们的强势，官府也不敢追问。“响马”是指在路上劫掠财物者，因这些人在行劫时先施放响箭，故有“响马”之称。“巨窝”则指那些匿藏盗贼亡命及其非法所得的巨头。总之，明代的侠少有追随人主，凭一刀一枪建不世奇功，去博个封妻荫子的荣耀，如隋唐五代许多游侠常做的那样，而是沦为绿林劫掠者，是侠日益远离政治乃至社会中心的明显表征。