东路皖军与直军曾相持于北仓，后由于奉军一营抄袭皖军后路，直军开始****，奉军两个旅16、17日抵天津，且武器装备较好，直奉两军并肩作战，17日收复杨村，直下廊坊，皖军不支而溃，徐树铮也只身逃回北京。7月19日段棋瑞引咎辞去本兼各职，以应付败局。23日直奉军队进驻北京，段祺瑞多年苦心经营的皖军，不过5日之内即顷刻瓦解。
直皖战争结束后，徐世昌下令撤销对曹、吴的处分，免去段的各项职务，撤销西北边防军，通缉在逃的徐树铮、段芝贵等人，解散安福俱乐部，皖系从此衰落。
粤桂战争和第二次护法战争
直皖战争结束不久，南方又爆发粤桂战争。孙中山在护法战争时，被迫从广州到上海，南方军政府大权落入滇桂军阀手中，孙中山即把希望寄托在陈炯明的粤军上面，孙中山一直想建立一支革命军队，后即把朱庆润的2营省长亲军交给陈率领，但该部队在广东受桂系排挤，只好向福建发展，称援闽粤军。至民国九年（1920年）巳发展到2万余人，编为2个军，陈任总司令兼第1军军长，许崇智为第2军军长。陆荣廷视其为心腹之患，因而极力想消灭之。民国九年7月，陆以进攻在闽皖军为由，进攻****。孙中山利用军阀之间矛盾，联合皖系闽督李厚基和滇系唐继尧共同对付陆荣廷。
8月16日，粤桂之战开始，粤军分3路向广东进军，陈炯明利用孙中山的影响并提出广东人不打广东人的口号，因而所向披靡，粤军很快占领了河源、陆丰、海丰，逼进惠州。9月下旬，在朱执信等人的策动下，地方军阀李福林等部宣布脱离桂系，响应粤军。10月22日粤军攻占惠州，桂军全线崩溃，岑春煊、陆荣廷纷纷逃走，29日，粤军进入广州。11月28日，孙中山等人由上海返回广州，重组军政府，任命陈炯明为广东省省长兼粤军总司令，发动第二次护法运动，南北对峙再度形成。
与粤桂战争几乎同时，四川又爆发了一场川、滇、黔军之间的混战，滇系唐继尧在护国战争之后，即把四川视为自己的势力范围，因此对川军进行分化，并极力要去掉在川的国民党人、四川督军熊克武。民国九年3月，唐继尧下令免去熊的四川靖国军总司令职，任命四川军阀吕超、刘湘为靖****正副司令，并命在川的滇军和黔军进攻熊克武部，川、滇、黔战争因而于5月下旬爆发。
6月10日，熊部被迫退出成都，吕超进入成都。至9月，熊克武又卷土重来，以驱逐客军为号召，联合各部川军反击，分路向成都、重庆及川南进攻。9月5日川军复占成都，吕超逃跑，川军乘胜直追，滇军第2军军长在沪州城外战死，滇黔军全部被赶出四川。黔军返回贵州后，黔军总司令壬文华即策划推翻贵州督军兼省长刘显世的活动，十一月壬的妹夫何应钦与谷正伦率部进入贵阳，刘被迫辞职。而滇军撤出四川后，在第1军军长顾品珍率领下，也倒戈相向，进军昆明，使唐继尧于民国十年（1921年）2月辞职，出走香港。
在粤桂战争和川滇黔战争结束后，民国十年（1921年）4月，广州正式成立中华民国政府，孙中山宣誓就任非常大总统，任命陈炯明为陆军部长，李烈钧为参谋长，顾品珍为滇军总司令，卢焘为黔军总司令，赵恒惕为湘军总司令。随即准备开赴广西，消灭桂军。而陆荣廷也在直系的支持下，准备****广东。6月，第二次粤桂战争爆发，孙中山任命陈炯明为援桂军总司令，率部由肇庆挺进梧州，许崇智由北江人桂，李烈钧率滇、赣军，谷正伦率黔军也分路进入广西。粤军在进攻梧州之时，桂军刘震寰于前线宣布独立，粤军不攻而克梧州，并由此西进，击破高雷、钦廉一带的桂军，李烈钧在桂西北也率部准备进攻桂林、柳州，各地桂军纷纷宣布独立，陆荣廷大势已去，7月16日，通电辞职，逃往龙州，第二次粤桂战争结束，两广统一于民国政府之手。
孙中山于此时立即准备北伐，11月15日，在桂林设北伐大本营，集中4万兵力，准备出征，民国十一年（1922年）2月3日，孙中山发布北伐动员令，至12日前锋部队进入湖南，孙中山同时与皖、奉军阀联络，逐步形成反直三角同盟。但陈炯明坚决反对孙中山的主张，而且暗中勾结吴佩孚，并联合赵恒惕，阻止北伐军人湘，并于3月21日在广州刺杀了支持孙中山的粤军参谋长邓铿。3月26日孙中山改变计划，督师回粤，免去陈的大部职务，陈即准备叛变。
孙中山于5月4日再发北伐令，新设大本营于韶关，改从江西出兵北伐，以李烈钧为总司令，许崇智为总指挥。于6月13日北伐部队攻克赣州，而后挥兵吉安，直逼南昌。正当北伐军乘胜前进之时，陈炯明发动兵变，5月18日，****叶举等部自广西返广州，通电要求恢复陈的职务，6月1日孙中山从韶关回到广州，16日，叶举等人发动兵变，包围总统府，炮击孙中山住所，孙中山在永丰舰与叛军相持50余日，终因****无望，于8月9日再赴上海，第二次护法战争又以失败而告终。
第一次直奉战争