八月，库车守敌降。库车虽下，活捉叛首的最好战机已被雅尔哈善丧失，致使战争升级。阿克苏、乌什皆闭门不纳大、小和卓，大和卓至喀什噶尔（今新疆喀什），小和卓至叶尔羌，互为声援。时清军已于西北连续作战3年有余，师劳饷耗，加之清军于库车城外两度败敌，乌什、阿克苏、库车、和阗等城皆附清廷，致使清廷产生急躁、轻敌情绪，并影响到前线主帅。定边将军兆惠奉旨，率800人清军由伊犁前往库车，代替雅尔哈善，指挥平回作战。兆惠所部进入回疆后，得知库车已下，便留副将富德驻阿克苏，为第二梯队，自率马步兵4000余往小和卓霍集占所在之叶尔羌。
十月初三日，兆惠所部抵辉齐阿里克，距叶尔羌城40里，隔叶尔羌河扎营。初六日，清军与霍集占军接战，三战三捷。兆惠遣副都统爱隆阿率兵800，防截喀什噶尔之援敌。十三日，兆惠留部分兵力守营，自率干余骑兵劫城南敌之牧群，以补充给养，攻至叶尔羌城外，方渡河400余骑而桥断。霍集占步骑约1.5万余突出围攻。兆惠身先士卒，率军士力战，浮水还营。叛军万余乘势渡河，包围清军大营。清军顽强固守，相持3月之久。
二十四年（1759年）正月初六日，富德率兵自阿克苏来援，转战5日4夜；兆惠亦组织所部奋力突围。十四日，两军会合，霍集占叛军遁入叶尔羌城固守。清军由于连日作战过度疲乏，返回阿克苏休整。霍集占见清军退去，乘势占领和阗所属两座回城。和阗共有6座回城，回人6万户，盛产粮食。它南连卫藏，东达青海，西接布鲁特，地理位置十分重要。所以乾隆帝一再催促兆惠，迅速收复和阗。四月，兆惠遣富德事部夺回和阗，大、小和卓一时无计可施，便固守于喀什噶尔和叶尔羌，观望动向，其兵力约有10万。清军积极进行进攻准备。除兆惠、富德原有的8000清军外，又增调1万人绿营兵，并配备了充足的攻城兵器。
六月初二日，定边右副将军富德率部由和阗出发，和阗6城伯克带650人回兵从征，进攻叶尔羌；六月十一日，定边将军兆惠事部由乌什出发，进攻喀什噶尔。两支清军密切协同，同时深入，且走且停，以息养马力。大、小和卓于清军到达之前，便弃城退往巴达克山（今属阿富汗），企图待清军粮尽退兵，再重返旧地。闰六月十四、十八日，清军分别进入喀什噶尔、叶尔羌。富德事部追击叛首。明瑞部千人于霍斯库岭同叛军6000人交战3小时，歼叛军500人。七月初七日，富德于阿尔楚山追及霍集占，歼叛军千余，阵斩其骁将阿布都。七月初十日，大、小和卓于巴达克山边境和什珠克岭阻击清军，被清军大败，仅率300余人逃迸巴达克山境。巴达克山汗索勒坦沙在阿尔浑楚岭战斗中擒大、小和卓。至此，大、小和卓****被平息。从而结束了天山南北地区的分裂局面。
英国对西藏的威胁
西藏自古以来就是中国领土不可分割的一部分。近代以来，随着帝国主义侵华的逐渐加剧与清政府的日趋衰朽，西藏地区也遭到英帝国的武装侵略。
印度在英国殖民地中具有特殊的地位。为确保能长期稳定地在南亚次大陆获取经济利益，英国人提出了“拱卫印度安全”的战略思想，核心内容包括：三个缓冲区、两个同心圆和一个内湖。“英国管理下的西藏”，便是这三个缓冲区之一。1865年，英国把不丹也纳入英国殖民势力的范围。这样，虎视眈眈的英军已经距西藏咫尺之遥。
沙皇俄国此时正在为实现南下印度洋战略积极活动，侵略矛头也直指我国西北、西南地区。
沙俄的举动对英国侵略西藏的野心构成了一定威胁。英国人迫不及待地寻找进入西藏的时机，此时发生的“马嘉理事件”正好提供了机会。1874年，英国派军官柏郎率领近200人的武装“远征队”从缅甸出发，到我国云南探测通往内地的路线。驻北京的英国使馆派翻译马嘉理前往接应。1875年2月21日，武装探路队在腾冲蛮允山寨与景颇族群众发生冲突，马嘉理开枪打死多名群众，愤怒的山民将马嘉理及其随员击毙，将探路队逐回缅甸。
事后，英国立即给清政府施加强大压力。1876年9月13日，李鸿章被迫与英国公使威妥玛签订了<烟台条约>和<人藏探路专条>。除“赔款”、“谢罪”外，还允许英国人开辟印藏交通。
英国第一次武装侵藏
1884年，英国派一支约300人的武装队伍闯人西藏，在于坝地方被藏民阻挡。1886年，又派大批队伍集结在西藏亚东以南边境，进行武装挑衅。西藏噶厦地方政府派藏军在热纳宗隆吐山建卡设防。
英国借口藏军侵入锡金境内，向清政府施加压力，要求藏军限期撤除隆吐山卡，否则英军也要在当地驻扎。清政府惧怕藏边发生战事，一再妥协退让，要求藏军撤卡撤兵。西藏噶厦地方政府对清政府的做法很是不满，驻藏大臣文硕也坚持热纳宗属于中国领土，积极支持西藏的抗英斗争。
1888年3月20日，英军悍然向驻守隆吐山