也没有斗志，我们根本没有胜算。但贼军没有粮草辎重，只靠抢掠维持日常开销。我们不如养精蓄锐，先固守城池。到那时，他们求战不得，攻城又攻不下，人心势必离散。然后再挑选精锐士兵出城攻击敌人的要害之处，这样就可攻破敌军了。”
可是刘岱不听，出战后果然被杀。曹操部将东郡人陈宫对曹操说：“兖州如今是无主之城，朝廷命令断绝，我请求劝说州中官员，您可前往治理，以此为根基，可平定天下，成就霸王之业。”
陈宫于是就去劝说别驾、治中，他说：“如今天下分裂而兖州无主，曹东郡是命世之才，若迎接他来治理兖州，必能安定州郡百姓。”鲍信等人也认为有理，便与州吏万潜等人到东郡，迎接曹操兼任兖州刺史。
随后，曹操就进兵在寿张东攻打黄巾军，初战不利。贼众精锐强悍，曹操兵少势弱，但他善于安抚激励士兵，明确军中赏罚制度，抓住机会设下奇计，昼夜作战，每战都有俘获，贼军见无利可图，就退走了。
此战，鲍信战死，曹操悬赏寻找他的尸体，结果没找到，便派人依照鲍信的形貌刻了一个木像，然后祭奠痛哭。这时，朝廷任命京兆人金尚为兖州刺史，金尚赴任时，被曹操打了一顿，最后逃往袁术军去了。
五月，朝廷任命征西将军皇甫嵩为车骑将军。
起初，吕布劝王允杀光董卓的部下，王允说：“这些人无罪，不可杀。”吕布想把董卓的财物赏赐给公卿、将校，王允又不同意。
王允向来把吕布当作剑客看待，吕布觉得自己在诛杀董卓时立了功，就经常夸耀自己，因自己的愿望未被满足，渐渐就与王允有了嫌隙。王允性格刚直、疾恶如仇，起初因畏惧董卓而对部下屈身相待。董卓被杀后，他认为朝廷再无患难，就变得骄傲起来了，因此他的部下也渐渐和他有了嫌隙。
王允起初与士孙瑞商议，特地下诏赦免董卓部下，继而又有疑虑：“部下只是追随主人罢了。如今若将他们称为恶逆之人却又赦免，恐怕会更让他们起疑心，这不是安抚的办法。”于是就放弃了赦免的想法。
随后又商议解散董卓军队，有人劝王允说：“凉州人向来畏惧袁氏和关东兵，若是解散军队让他们出关，必定人人自危。可让皇甫嵩为将军，统领他们的军队，留驻陕县进行安抚。”
王允说：“不行。关东举义兵的都是我们的人，如今若是据险屯兵陕县，虽能安抚凉州士兵，却会让关东将领起疑，这实在不可取。”
当时百姓有传言说要杀光凉州人，董卓旧部将校就感到很害怕，于是就互相煽动，都拥兵自守，彼此还说：“蔡邕只因受董公厚待，尚且连坐被杀，如今既不赦免我们，又要解散军队，若是今日解兵，明日就会任人宰割！”
吕布又派李肃到陕县，以诏命诛杀牛辅，牛辅等人迎战李肃，李肃战败逃到弘农，最后被吕布处死。牛辅胆怯失守，恰逢营中无故惊乱，他想逃跑，结果被部下杀死。
李傕等人返回时，牛辅已死，他们无所依靠，便派使者到长安请求赦免。王允说：“一年不可两次大赦。”就拒绝了他们的请求。
得知自己的请求被拒绝，李傕等人就更加害怕了，不知该如何是好，就想解散队伍，然后抄小路回乡。讨虏校尉、武威人贾诩说：“诸位若是弃军单走，一个亭长就能擒住你们。不如率军向西攻打长安，为董公报仇。事情若成，就奉国家以正天下；若不成，再逃也不迟。”
李傕等人认为有理，于是就结盟，率数千士兵日夜西行。王允因为胡文才、杨整修都是凉州有声望的人，就召他们东行去劝解李傕，却不以好脸色相待，还说：“关东鼠辈想干什么？你们去叫他们来！”
二人于是奉命前去，实则是召回了一支军队。李傕沿途收编逃散的士兵，等抵达长安时已经有十余万人，然后就与董卓旧部樊稠、李蒙等人合围长安城。长安城墙高峻难以攻克，围攻了八天都没打下来。
这时，吕布军中的叟兵叛变了。就在六月戊午日这天，打开城门引李傕军入城，入城之后，士兵就四处抢掠。吕布在城中与李傕军交战，但没赢，就率领数百骑兵将董卓头颅系在马鞍上出逃，在青琐门外驻马，招王允同去。
王允说：“要是靠祖宗保佑，能把国家安定下来，那就是我最大的心愿；要是做不到，我就拼上这条命。如今小皇帝只能指望我了，国家有难而我苟且偷生，我可做不出来。你帮我给关东的那些人带个话，让他们多为国家着想！”
太常种拂也说：“我身为朝廷大臣，没能挡住叛军，现在让他们都打到皇宫跟前了，我就算逃又能逃到哪去呢？”说完就跟叛军拼命，最后战死了。
随后，李傕、郭汜就带着军队驻扎在南宫掖门，还把太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀都杀了。当时死的官员和百姓有一万多人，路上到处都是尸体。
王允赶紧带着汉献帝跑到宣平门躲避。李傕他们跑到城门底下，就趴在地上磕头。汉献帝问：“你们纵容士兵到处闹事，到底想干什么？”
李傕他们狡辩说：“董卓一直忠心耿耿地伺候陛下，却被吕布无缘无故的给杀了，我们就是