（即一六○四年）殿试第二名，授编修。熹宗就位后，他以兵部尚书兼东阁大学士执掌兵部，后因辽东危急，他挂帅印出镇山海关，对袁崇焕的为人及谋略都极为赏识。当时袁崇焕刚由知县擢升为兵部职方主事，尚是一位人微言轻的小官，但在孙承宗的全力支持下，推倒经略王在晋的方略，力排众议和非难，支持袁崇焕修筑宁远城。经袁崇焕、祖象升等一年多的苦心经营，终使宁远成为关外的一大重镇。加上袁崇焕勤于职守、抚恤士卒，有誓与宁远共存亡的决心，所以宁远便成为抗击后金、捍御关门最稳固的前哨。
此后三年，袁崇焕又奉孙承宗之命，向东拓疆二百里，并分别派遣将领据守锦州、松山、杏山、右屯及大凌河，筑城高防。但就在这步步为营不断推进之时，孙承宗却因不肯附庸魏氏阉党，便事事掣肘，连遭弹劾，不得已请求致仕还乡。
魏忠贤改派他的党羽高第替代，此人无能且又骄横，后金得知情报后，努尔哈赤率兵突破高第的东线，尔后大举西渡辽河，直逼宁远。宁远因有孙老将军五年经营的基础，袁崇焕仅以万人便抵御了后金的十万余众，血战数日，后金死伤惨重，努而哈赤也因此而身亡。这是努尔哈赤自起事以来，所遭受最为惨烈的一次致命打击，也是大明朝未曾有过的以少胜多的战争，这便是历史上所说的“宁锦大捷”。
此次大捷，袁崇焕以弱胜强，转败为胜，重挫后金，使其大伤元气，其功劳可谓盖世齐天。但袁崇焕并不居功、贪功，而是逢人便说，大功应归恩师孙承宗。
待袁崇焕来到孙承宗家院时，一群家丁兵勇在孙承宗老将军的指导下，正操练刀枪。
刀枪飞舞，杀声阵阵。
袁崇焕进入园门后，倚在一旁静静观看。
袁崇焕目视精采的刀枪对练，竟情不自禁地大喝了一声：“好！”
孙承宗闻声扭头一看，见是袁崇焕，连忙跑过去，大声呼唤：“崇焕。”
袁崇焕跪地施礼：“晚辈叩拜恩师。”
“起来起来！”孙承宗上前亲切扶起袁崇焕，“来来来，草亭坐叙。”
他们走向幽静的草亭，孙承宗边走边说：“老夫虽然遭贬赋闲，但也详知袁巡抚镇守辽东，捷报频传，连败夷贼，令人欣慰啊！”
他们来到草亭分坐，家仆端上茶水。
孙承宗兴致勃勃说：“老夫闻知你不日即将升任蓟辽总督，”说着他看看袁崇焕，“将军正当壮年，一身系国家安危，国家栋梁啊！大明百姓寄望于你了！”
“学生不才！”袁崇焕感激地目视孙承宗，“想当初，正是孙大人经略辽东，筑城布防，方令学生痛击满虏，实不敢掠人之美，居功忘祖！崇焕能有今日，皆是恩师栽培，终生难报！”他关切询问，“恩师近可安好？”
“唉！哀，莫过于无为；痛，莫过于心伤！”孙承宗叹息说着，“我为大明江山忧思难眠啊！皇上病如秋末，久不临朝；阉党操掌国柄，屡兴冤狱，东林党数百名高官横遭诬罪，被置于死地。”
袁崇焕是个耿介火暴脾气的人，一听此话，气愤得霍地站起：“我等岂能让阉党之流欺君罔上，捏弄朝政！”
“自古以来，贤臣往往敢于直谏而失宠，奸臣善于求媚而得势。奸伪小人，平素承意探微，出言必合圣意；一旦窃权手中，便可矫变圣旨。”孙承宗叹息道。
袁崇焕已是怒不可遏：“国不成国！是可忍，孰不可忍？”
孙承宗见袁崇焕依然是如此火性，盛怒难消，连忙岔开话题：“走走走！去看看家勇的习武操练。”
“先生虽不能领兵治军，还在操练家勇，不忘报国！”袁崇焕慨然叹道。
“居安思危啊！”孙承宗手捋胡须，“一旦国家有用，老朽也可抵挡一阵！”
魏忠贤官邸，此刻更是一派烦乱。满屋子的人都在那里低头蹙眉，没有一个人言语，只有唯一的女人魏良卿的媳妇，怀抱着孩子来来回回地走着，搞得人更加心烦意乱。但屋中人一切都是以魏忠贤马首是瞻的，魏忠贤没有发话，其他人当然就只有沉默。直到怀中的孩子哭起来，这位侄媳妇将孩子抱走，魏良卿才打破沉寂，发出了一声哀叹：
“事不遂愿，件件败露，投毒不成，恐会招来杀身之祸啊！”
“这叫好事多磨！”魏忠贤碍于某种原因，对侄媳妇的走来走去，虽已心烦，但他没有发作，此时听到魏良卿这番沮丧的言辞，立即不满地瞪视一眼，“你怕！信王更怕！败露……我怎么没有看见？如若有人上奏老夫投毒信王，那就是自投罗网，以诬告治他的罪！”他抽动鼻翼，哼哼两声，“谅他信王也不敢！”
一听这话，满屋子的人都为之振奋起来。魏希孔连忙应和地：“对！谅他信王也不敢！”
“兵部已收到袁崇焕述职文书，恶战惨烈，惊天地，泣鬼神啊！”崔呈秀当然也为之一振，此时他方拿出卷宗，“魏公公可代皇上单独召见，论功行赏，赐职升迁。”
“不！”魏忠贤接过卷宗，思索地：“先以老夫名义私赠他白