林肯将自己辩论词的副本给他们看，但他们认为那只是“垃圾”，不值得一看。
他们不愿在法院与林肯说话，也不邀请林肯去他们房间，甚至不愿意与林肯同坐一张桌子。他们把林肯当社会流浪汉一样对待。
林肯听斯坦顿这样说过：“我不会与这样一个该死的、笨拙的长臂猿合作。在这个案例中，如果不能和绅士一样的人合作，我宁愿放弃这个案子。”
“此前从未有人像斯坦顿一样野蛮地对待过我。”林肯说道。后来回到家里，他一直苦恼并陷入了深深的忧虑中。
当林肯成为总统后，斯坦顿对林肯的厌恶和憎恨更深，他将林肯称为“让人头疼的呆子”，并公开表示林肯没有能力管理好政府，林肯应该被一个军事独裁者取代。在写给布坎南的信中，斯坦顿用恶毒的语言辱骂总统，语言太激烈以至于不能打印出来。
在林肯担任总统后十个月，一个国家丑闻在美国传开：政府被抢劫，损失数百万，奸商横行及虚假的战争合约。
除此之外，林肯与战事部长西蒙·卡梅伦在是否武装奴隶的问题上分歧严重。林肯要卡梅伦辞职，他必须要重新找人担任战事部长。林肯自己清楚，国家的未来取决于自己的选择。同时，他也知道自己想要的人，林肯对自己的一个朋友说：“我已下定决心，也许这是我自尊的表现，我将任命斯坦顿为战事部长。”此后，这被认为是林肯作过的最明智的决定。
在战事办公室里，斯坦顿站在桌子旁，他被来来往往的职员包围，并像东部的奴隶一样颤抖，斯坦顿对军队里滋生的那些狂妄自大但毫无能力的人感到愤怒。
此后，斯坦顿前前后后清除了很多那样的人。
斯坦顿也得罪了一些爱管闲事的议会代表，他随后向不诚实的承包者发起了猛烈且憎恨的战争，同时他忽视并违反了宪法。斯坦顿甚至还逮捕了将军，将其关进监狱长达几个月，且不审讯。斯坦顿还教训了麦克莱伦，问他是否在训练军队，表示麦克莱伦必须要战斗。斯坦顿发誓，波托马克河地区酒肉生活必须终止。斯坦顿查封了所有的铁路，强占了所有的电话线，这使得林肯只能来战事办公室收发电报。他得到了所有军队的控制权，在没有得到他允许的情况下，他不允许格兰特发出一个命令。多年来，斯坦顿被头疼困扰，他患上了哮喘和消化不良。
然而，他就像一个入迷了的发电机：他用刀砍、用剑刺、用枪射击，直到南方各州回到联邦。为了达到这个目标，林肯能容忍一切。
一天，一个国会议员恳求林肯给他一个转移部队的命令，然后此人拿着总统的命令来到战事办公室，将命令函放在斯坦顿的办公桌上，但斯坦顿态度坚决称自己不会做那样的事。“但是，你忘记了这是总统亲自下发的命令。”这位政客这样争辩道。
“如果总统给你这样一个命令，他就是傻子。”斯坦顿反驳道。
这个国会议员迅速返回找林肯，他可能看到林肯勃然大怒并将战事部长开除。但林肯听完他的解释后，眼睛闪烁了一下，说：“如果斯坦顿说我是个傻子，那我可能的确是，因为他总是正确的，我会自己去见他。”
林肯的确去了，斯坦顿告诉林肯他的命令是错误的，所以林肯就撤销了命令。林肯知道斯坦顿讨厌被干涉，所以一般都不干涉他。
“我不能给斯坦顿先生增加麻烦。”他说道，“他的工作是全世界最难的工作：军队中数千人责怪斯坦顿，因为他没有提拔他们；另外数千人责怪他，因为他没有委任他们以职位。斯坦顿先生身上的压力巨大。他是我们国家海滩上阻拦潮水冲刷的巨石，潮水的冲刷永不停止，他向怒吼的潮水反击，并防止潮水淹没我们的土地。我不知道他是怎样生存下来的，我不知道他为什么没有被摧毁并瓦解。如果没有他，我可能已被毁灭。”
不过有时候，总统也会坚持自己的立场，按照林肯自己的说法——这时要当心了。如果号称“战神”的斯坦顿违抗命令，林肯就会平静却坚定地对他说：“部长先生，我已经决定了，你只能照办。”
最后当然照办了。
有一次，林肯签署了一个命令：“不要说‘如果’、‘而且’、‘但是’这类词，任命艾略特·W.莱斯为美国联邦陆军准将。”
还有一次，林肯给斯坦顿写信，让他任命某人担任一个职务，他写道：“任命他，不管这个人是否知道朱利叶斯·凯撒大帝头发的颜色。”
最终，斯坦顿、西沃德及其他所有起初斥责林肯的人逐渐开始学会尊敬林肯了。当林肯被刺后，躺在公寓里即将死亡时，过去曾经将林肯称为“让人头疼的呆子”的铁腕人物斯坦顿说：“这里躺着的人是人类有史以来最完美的一位领袖。”
林肯的一个秘书约翰·海依细致描述了林肯在白宫的工作方式：
林肯不喜欢按规则办事，我和尼克莱花了四年时间才让他适应了按照某些系统化的规则办事。每一个原则被制定后，马上就被他打破了。任何让普通民众远离自己的事，林肯都会反对，尽管这些