1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理?且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同回津后，因忧劳成疾，回南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收回成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外?现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问!李鸿章也不能辞其咎!钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助;一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻日前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给日本，日本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与日本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘日本船一同到台湾。5月22日，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同日本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法——在台湾海口会晤。23日李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30日，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，日文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩春等，还有警卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1日凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由日舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在日本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是日下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2日上午，李经方带领日文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数日内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返回，宝岛台湾就这样被满清政府轻率地舍弃掉了。
5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。