常升高等毒副作用，其中最严重的是肝功能衰竭和糖尿病。另外每年每人约1.2万美元的昂贵药价，令绝大多数病人望而止步。
鸡尾酒的也有很大的局限性，主要表现在：对早期艾滋病病人相当有效，但对中晚期患者的帮助不大，因为这些病人的免疫系统已被艾滋病毒不可逆性地破坏了。何大一先生本人也认为，药物治疗非常困难，不仅服用方法复杂，有副作用，而且价格昂贵，由于鸡尾酒疗法是各种药物混合服用，所以副作用的大小要看患者具体在吃什么药。有些药物在服用的头几个星期，会让病人做非常逼真的噩梦，不少人对此非常害怕。还有一种副作用被称为脂肪流失，病人面部和手臂的脂肪组织会流失。但如果停止服药，即使还剩下0.001%的病毒，病毒也会卷土重来，只有艾滋病疫苗才是能解决这一世界难题的根本方法。
对于中医治疗艾滋师父也曾经考虑过，因为中医和西医治病完全是截然不同的两个方向，西医治的是病，而中医治的是人。中医素有“营卫”之说，其中的“卫”就是指人体自身的防卫免疫体系及消除外来的机体内生的各种异物的功能，而艾滋病毒破坏的正是人体自身的免疫力，《内经》云：“言不可治者，未得其术也”，奈何天不假年，师父并没有总结出具体的治疗方法就故去了，这事儿啊还得落在我身上，也正好趁这次机会去艾滋病的“故乡”多看看，或许真能找到什么方法。