小智等人在漫长的旅行之后，所来到的地方，是一个看起来有些破败的城市：黑云市，从海面吹来的风，闻起来带着臭泥的气息影响路过的心情。
不过这次的故事就是从这里开始的。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的？”小智问道。
“这里好像叫做黑云市耶。”小霞回答。
“黑云市？没听说过。”
“听说这里以前，到处是工厂，所以很繁华哦。”
“因为这个原因，所以天空和大海都受到了污染，又没落起来了。”小刚补充。
“所以说嘛，绿水青山就是金山银山。”王喆说道。
“这个样子，看起来不太可能有神奇宝贝的存在了。”
“嘛，你看那鲤鱼王，他又弱又傻，你看那臭泥他又大又圆，鲤鱼王可以在污染的水域生存，毕竟它的生命力十分顽强，然后臭泥或者臭臭泥，他们最喜欢这种地方。”
不知道为什么，小智脚下的皮卡丘，脸颊上的电气带不断发出闪电，变得摇摇欲坠起来了。
“皮卡丘，你怎么了？”
“皮卡～”皮卡丘，摇摇晃晃的倒在了地上。
“皮卡丘？你振作一点。”不知怎么的？皮卡丘控制不了他的电力，把小智电成了黑炭。看着小智的样子，身后不知道什么东西在跟着。
“小智，这应该是皮卡丘感冒了，我身上皮可惜用治愈水滴帮忙治疗一下，做一下应急处理，趁现在皮卡丘问题还不算太大，赶紧去神奇宝贝中心看一下(●???●)”王喆说道。
“啊，嗯。”
“记得带上你背包里的橡胶手套，再抱他起来。”
说着小智从背包里翻出了橡胶手套戴到了手上，抱起皮卡丘在小霞拿着指导书的引领下向着神奇宝贝中心奔去。
“皮卡丘，你振作一点，不要担心我现在就带你去神奇宝贝中心。”
奔跑了，大约十分钟的时间小智等人跑到了神奇宝贝中心。此时，隔井有眼。
啊，对又是我们的三个大聪明。“他们真的跑到了神奇宝贝中心去了，喵。”
三人正在下水道里，当然黑云市的下水道，那是一个字——臭。喵喵走在他的小船上，隔绝空气，武藏和小次郎只能在岸边受委屈?（ ￣??）?。
“这是什么臭味嘛？恶心死了→_→”
“穿上我准备好的潜水衣吧喵。我会用电送入新鲜的空气给你们的。”
“又活起来了。”
“你有这种好东西，为什么不早说呢？”
“你这个笨蛋。”
“你们两个不要再抱怨了，快点潜入那臭泥水里面去，从那里潜入神奇宝贝中心再来该怎么做就知道了吧？”
“开什么玩笑啊，你这是什么自大的态度？”武藏第一个不服。
“ 我们是可爱又迷人的反派角色，就算为了得到全世界只有一只的皮卡丘，让我们潜入臭泥海，不干。”小次郎第二个不忿。
“对，说的对，这种事情我绝对不干不干(?▼益▼)”
“按一下。”喵喵按了一下躺船上的一个按钮，嗯武藏和小次郎也被电的麻麻赖赖了。
“你们不听话就会这样。”
“可恶，你给我记住，”尽管一个不服，两个不忿但他俩还是乖乖照做了。
“今天让你得逞，下一次你就没机会了。”
小智四人到了神奇宝贝中心。叮小智按了一下呼叫铃。
“有人在吗？有没有人在啊？”小智都快急出翔了，乔伊小姐打着哈欠，慢悠悠的走了出来。
“啊～诶真受不了诶你不知道现在几点钟了吗？普通好孩子啊这个时候都已经睡觉了。”
“对不起啊，我的皮卡丘的状况有点不对劲。”
“哈～”乔伊小姐斜眼看了看皮卡丘，“大概是感冒吧！”
“你仔细的看看啊，他是我最最重要的神奇宝贝耶。你的姐姐们都很照顾神奇宝贝的。”
“哈～”那乔伊小姐甚至又打了个哈欠，“不要急，不要急，你看皮卡丘的脸颊有放闪电出来呢，这个是电气老鼠感冒的初期症状，只要让他在这里呆一个晚上，很快就好了。”
“我说……我想要说的是有人跟我说你是众姐妹中最怪的一个。”本来斜眼看小智的乔伊小姐，笑着对他说：“不对，她们才是奇怪的呢。”
与此同时海里的臭泥不知为何集体向海水的吸水口，堵住了那个吸水口。
在研究院内，突然变的一片漆黑。
“怎么了。”
“糟糕了，发电机已经停止了，海水的吸取口好像被阻塞起来了。”
“你说什么？”
下水道里喵喵望着突然停止的机器。
“糟糕了，使用的电力怎么突然停止了？机器要是停止的话，就没有办法输送空气过去了这表示说……我不知道怎么办啊喵。”