就在袁世凯宣布称帝之后，孙先生发动了“护国战争！”，北上讨伐袁世凯，与此同时，袁世凯内部的势力也分崩离析，北洋军阀的冯国璋开始逼宫，段祺瑞也对袁世凯的征召不理不睬，就这样，袁世凯墙倒众人推，面对这场战争，他没有丝毫的胜算！
无奈之下，袁世凯决定退位继续当民国的大总统，用自己的妥协来挽回局面，可惜的是，分崩离析已经不能挽回了，众人的背叛已经成为了事实。
这个时期虽然明面上还是以袁世凯为主，但北洋军阀内部分裂的局面已经形成，就在他死后不久，北洋军阀便迅速分裂为以吴佩孚、曹锟、冯国璋为首的直系和以段祺瑞为首的皖系，同时，崛起东北占据东北三省的张作霖的奉系，也被算入了北洋军阀行列。