二十年前，第四次圣杯战争，卫宫切嗣令自己的从者阿尔托莉雅·潘德拉贡，破坏圣杯，结束了这一次圣杯战争。
十五年前，亚种圣杯战争，罗马尼亚的千界树家族(黑方)凭借圣杯召唤出七骑从者叛出魔术协会，幸存的魔术师启动了圣杯的保险装置，魔术协会(红方)也召唤出了七骑从者，圣杯本身召唤了Ruler贞德裁定这次七骑对七骑的圣杯大战。
最终贞德利用自身宝具红莲之圣女破坏了圣杯的八成，而后被龙化的齐格带去里世界。
十年前，第五次圣杯战争，卫宫切嗣的养子卫宫士郎以绝对的优势获得胜利，破坏了圣杯，利用魔术的极致—固有结界，将所有执行封印指令的魔术师尽数驱逐。
而后，被称为魔道元帅的基修亚泽尔里奇修拜因奥古出面，勒令停止了封印指令，并允许远坂凛、卫宫士郎等人进入时钟塔学习。
时间回到现在，英国伦敦，泰晤士河。
河水的正中央，有一道白色的身影，缓缓睁开了双眼。