表团将于5天后搭乘回程的台湾访美舰队，一同来到台湾，和台湾政府就台美关系做详细的商谈。
这次谈判一直持续了2个多月，台湾政府代表团还赴美进行了回访暨谈判，终于在1906年底达成了共识，双方代表在美国西海岸的旧金山市市政厅里签订了台湾和美国的第一份正式合约，合约中规定，双方互相承认对方为合法政府，并相互设立领事馆，台美两国双反互为有条件最惠国待遇，并于在军事、经济、农业等领域的合作中，相互规定了双方的权利和义务；而条约的最后一条标明，台湾需要在1年中派遣不少于5000名陆军部队，进入菲律宾群岛，帮助美国陆军和海军维护当地的文明和平，而这5000名台湾陆军将由台湾军方指挥作战，并不隶属于美国陆军，其后勤于补给也将由台湾负责，双方军队的合作关系将直接由美国陆军部和台湾陆军部直接协调。也就是说，台湾陆军将会被分配一个维护区域，除了台湾陆军部和美国陆军部协商好的一些联合作战项目，其余的时间，台湾陆军并不由美国驻菲律宾的陆军指挥，可以自行决定在这个区域内的行动。
这份合约由于是在美国旧金山市签署的，就被称为《台美旧金山协议》，这是台湾走上国际舞台的第一步，也是对外建交的第一步。