（公元1389年），改总部为民部，次年，又分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、仓四科。二十九年（公元1396年），改十二部为十二清吏司，各设郎中1人，员外郎1人，主事2人。永乐元年（公元1403年），改北平司为北京司。永乐十八年（公元1420年）。废北京司，设云南、贵州、交阯三个清吏司，宣德十年（公元1435年），罢交阯司，定为十三司。户部十三司，自明孝宗弘治以来，以公署不大，只留郎中1人治事。员外郎、主事只能在授官之日出席而已，实际都只挂名。郎中一人无法管事，只好委任基层吏胥，以致弊端百出。至神宗万历时，王国光任户部尚书，始令每司吏员尽入署治事，司中职业才得修举。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。
礼部首任尚书为钱用壬、侍郎为世家宝。洪武六年（公元1373年）分四属部，即总部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每属部设郎中、员外郎、主事各1人，好看的小说:。二十二年（公元1389年），改总部为仪部。二十九年（公元1396年），改为仪制、祠祭、精膳、主客四个清吏司，另辖铸印局，局设大使1人，副使2人。
兵部的首任尚书为陈亮，侍郎为朱珍。洪武六年，分三个属部，即总部、驾部、职方部。洪武十三年再增库部，二十二年改总部为司马部。二十九年改为武选、职方、车驾、武库四司。每司设郎中、员外郎各1人，主事2人。另辖会同馆，大通关等机构，各设大使和副使。
刑部的首任尚书为周桢，侍郎为盛元辅，张仁。明太祖即位初期，用法太严，周桢任尚书时，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分为四个属部，即总部、比部、都官部、司门部。八年（公元1375年），增设四科，分属于四部。部设郎中、员外郎各1人。总部、比部主事各4人，都官，司门主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改总部为宪部，二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改为十二清吏司，设郎中、员外郎各1人，主事2人，永乐十八年（公元1420年）除北平司，增置云南、贵州、交阯三司。宣德十年（公元1435年）革交阯司，遂定为十三个清吏司。
工部的首任尚书为单安仁，侍郎为张允文和杨翼。洪武六年，分四个属部，即总部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部为屯部。二十二年，改总部为营部。二十九年，定为营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。设郎中、员外郎、立事各1人，另辖宝源局、军器局等。
内容
吏部
吏部为管理文职官员的机关﹐掌品秩铨选之制﹐考课黜陟之方﹐封授策赏之典﹐定籍终制之法。吏部下设四司﹕明清为文选清吏司﹑验封司﹑稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列﹑考授﹑拣选﹑升调﹑办理月选。验封司掌封爵﹑世职﹑恩荫﹑难荫﹑请封﹑捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制﹑终养﹑办理官员之出继﹑入籍﹑复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙﹐办理京察﹑大计。
户部
户部掌全国疆土﹑田地﹑户籍﹑赋税﹑俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司﹐明十三司﹕河南﹑山东﹑山西﹑陕西﹑浙江﹑江西﹑湖广﹑广东﹑广西﹑四川﹑福建﹑云南﹑贵州。清增江南司﹐为十四司。各司除掌核本省钱粮外﹐亦兼管其它衙门的部分庶务﹐职责多有交叉。除以上各司外﹐清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶于户部的机构有:掌铸钱的钱法堂及宝泉局﹔掌库藏的户部三库﹔掌仓储及漕务的仓场衙门。
礼部
礼部掌典礼事务与学校﹑科举之事。考吉﹑嘉﹑军﹑宾﹑凶五礼之用
三省六部制
﹔管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司﹐明清皆为﹕仪制清吏司﹐掌嘉礼﹑军礼及管理学务﹑科举考试事﹔祠祭清吏司﹐掌吉礼﹑凶礼事务﹔主客清吏司﹐掌宾礼及接待外宾事务﹔精膳清吏司﹐掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外﹐清设有铸印局﹐掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆﹐掌接待各藩属﹑外国贡使及翻译等事。
兵部
明职掌全**卫﹑武官选授﹑简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授﹑封荫之典﹐乘载﹑邮传之制﹐甄核﹑简练之方﹐士籍﹑军实之数。兵部下设四司﹕武选清吏司﹐考核武职官员的品级与选补﹑升调﹑承袭﹑封赠诸事﹐并管理土司﹔车驾清吏司﹐掌全国马政及驿传等事﹔职方清吏司﹐掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事﹐并管理关禁与海禁﹔武库清吏司﹐掌全国之兵籍﹑军器并武科考试之事。此外﹐清设稽俸厅﹐掌稽察武职官