本愿寺是日本佛教净土真宗本院寺派的本山。净土真宗的创立者是亲鸾圣人（镰仓时代）。石山本愿寺（いしやまほんがんじ），原称山科本愿寺，是佛教净土真宗本愿寺派第8代门主莲如（门主：教派首领）于1483年在京都山科建立的，后传到10代门主政如迁移到当时的摄津国石山〔今大阪市中央区〕，称“石山本愿寺”，是本愿寺派的本山〔宗庙〕所在。
亲鸾圣人死后，女儿觉信尼于文永九年（1272年）在东山大谷建了一座庙堂，亀山天皇赐名为“本愿寺”（现在讲到的本愿寺，一般就是指西本愿寺）。
本愿寺由于十一代法主显如两个儿子确定谁做继承人的关系分为两个地方：三男本愿寺准如之本愿寺，称西本愿寺。至此，本愿寺分为东西两家。准如一脉的西本愿寺法统，被称为“真宗本愿寺派”，仍以正统自居；长子本愿寺教如一脉的东本愿寺法统，被称为“真宗大谷派”。东西本愿寺同位于京都，已成为一道文化风景线。两寺并列为日本国宝，而西寺更被联合国教科文组织列为世界文化遗产。
战国时代
本愿寺家的大发展是在战国时期，伴随着“一向一揆”的爆发而达到鼎盛的。加贺国暴动的成功说明了其威力的强大，这也对其他宗派和战国大名显示了力量。虽然本愿寺家的法主不主张发动暴动来挑战社会，但是没办法控制汹涌澎湃的信徒。莲如上人的“不得诽谤国法，不得诽谤佛法，不得轻慢地头“守护”的法谕也渐渐被抛弃，从东海到中国，从北陆到四国，到处都有一向宗的势力。一向宗的发展使得其他宗派和大名极为不满，他们决定联合起来扑灭一向宗。早在莲如时，他们就迫害一向宗信徒。莲如于1496年建的本愿寺于1535年被比睿山僧人焚毁，证如上人又重修本愿寺家，随着规模的扩大，本愿寺渐渐向着城市化发展。到1542年，丰臣大阪城的前身----石山御坊就筑好了。它也成为一向宗的总部，指挥着全国的一向宗事务。
本愿寺家所具有的宗教优势在战国时期很明显，当时连年的战乱使处于战国食物链最底层的农民贫苦不堪。而对净土真宗的信仰能使他们得心灵有所寄托，因此全国净土真宗的教徒数量惊人，轻易就可发动规模浩大的一向起义。大名们在镇压领内叛乱时无论怎样残忍都不能根除信仰坚定的一向势力。许多久经沙场的名将曾死在口念“南无阿弥陀佛”，将生死置之度外的一向一揆众的起义上。所以本愿寺家也是一般大名都不愿得罪的。
证如上人与各大名都有较好的交往，如与武田信玄`上杉谦信等，所以在他那时“一向一揆”还不算厉害，但是到其子十一代法主显如上人时就直接加入了战乱，表现极为活跃。本愿寺家是一个宗教色彩极浓的战国大名。其它势力普遍都将其看成一股寺社的野势力。显如继任后致力于改变这种看法。1557年，显如履行了父亲与细川晴元的婚姻协定，娶了晴元的养女（日本佛教僧侣可结婚生子，此女为左大臣三条功赖之女，武田信玄正室的妹妹）。同时又分别给朝廷与幕府上纳两万与一万钱，以此来提高本愿寺家的政治影响。这种努力终于有了回报，1558年朝廷赐显如“权僧正”的官位。而有了僧官位就可以任命下属为僧官，这实际上是对本愿寺家大名地位的肯定。
永禄三年（1560），显如开始了第一次的军事行动：发动越前、加贺一向一揆帮助连襟武田信玄与越后上杉谦信作战。两家还于永禄八年（1565）缔结三条盟约，结成了强固同盟。
由于第11代门主显如娶了管领细川晴元的养女为妻，因而和武田信玄、朝仓义景结为连襟。后来石山本愿寺在“反信长包围网”的战略架构中，成为重要一员。其门徒的强悍战斗意志，使得战国枭雄织田信长军也多次败退于其实力雄厚的势力下，折损数名猛将。信长为避免一向宗徒们再次受到煽动而叛乱，对于已经投降的一向宗徒常是毫不留情的全部屠杀，因而织田信长被宗教界塑造成“佛敌”的形象。但不久织田军渐渐扳回劣势，公元1578年，织田信长水军以铁甲船断截了石山本愿寺和中国（本州岛西南部）的毛利辉元相通的唯一海上粮道，遭围困许久的本愿寺才不得不降伏，显如撤离之后，其子教如仍作困兽斗一段时间，后来仍不支撤退，最后织田信长一把火烧了石山本愿寺以绝后患。
织田信长遭遇本能寺之变死后，门主显如与掌权的丰臣秀吉关系良好，1591年由秀吉捐地重建成现在的京都本愿寺（即西本愿寺）。
公元1602年（庆长7年）时，由于“净土真宗大谷派”（东本愿寺）信徒超过1千万人，为防止信徒过多失控，经由将军德川家康之令，从本愿寺独立后创建，即为今日所见的东本愿寺，而原本愿寺为作区别亦改称“西本愿寺”。东本愿寺与西本愿寺相距不远，仅有几条路相隔的距离，两边的建筑呈现左右相反的设计。东本愿寺曾数次遭受祝融之害，所以原始面貌已不复见了。目前所看到的为公元1895年（明治28年）所重建。
有关一向宗和一向一揆
一向宗