部离开控制室后他开始着手解除装置，但与此同时控制室也开始进水，罗伊德连忙去开门，但是却怎么也开不动。原来波塔一早就知道解除自爆装置后水就会涌进来，为了保护罗伊德他故意把门反锁。从屏幕上看着控制室的水位越来越高众人却无能为力，波塔用自己的生命换来换取系统的解除，拯救了大家。临死前，他要求罗伊德将他已经顺利完成任务的消息传达给自己的首领尤安。
由于自爆装置的解除，守护这里的飞龙们也从笼子里面放了出来，由于飞龙实在太多了，罗伊德等很快就有些招架不住了。吉尼亚斯想起了和米托斯分别时米托斯说的话吹响了笛子，上空顿时出现道道白光瞬间将飞龙全部歼灭，米托斯坐着光之精灵阿斯卡出现救了大家。原来罗伊德等离去后他担心所以问尤安借了飞行器一直跟着大家。
为了把波塔的死讯告诉尤安，罗伊德来前往西尔瓦兰特基地。尤安开启了空间转移装置，这样罗伊德等就可以自由来往于两个世界了。不过奇怪的是当罗伊德把米托斯借的飞行器还给尤安时他却对此事全然不知，雷内盖多的飞行器全数保存在格纳库中并没有外借的迹象。
重返泰赛阿拉，米托斯被安顿在阿鲁特斯塔家里，临走时他祝福罗伊德能早日帮璞蕾赛娅的妹妹艾莉西娅报仇。里加尔听到艾莉西娅这个名字后反应非常强烈，希望罗伊德把他带到阿鲁塔米拉去。去到雷扎雷亚公司，发现这里一片狼籍，从奄奄一息的警卫口中知道瓦利带人冲着空中庭院去了。大伙连忙赶到空中庭园，瓦利正在逼问乔治矿山深处的密码是多少。
“让我来告诉你吧！”里加尔对瓦利说。
“里加尔大人，您怎么在这里？”乔治很有些惊喜。
“正好，会长自己来了啊！”瓦利无赖般地笑着。
“托伊兹巴雷矿山深处需要用我的声纹和角膜才能开，如果强行打开的话矿山就会崩溃！”里加尔对瓦利说，顺便把罗迪鲁的死讯告诉了他。然而瓦利却不以为然，说自己背后还有教皇做后盾。当众人准备追问时蛇出现带走了瓦利。
原来里加尔就是姓布莱安，他受到国王陛下赐予的爵位担任雷扎雷亚公司的会长。艾莉西娅是他的恋人，后来艾莉西娅被瓦利他们带走进行EX晶球的实验，不过最后实验失败了，艾莉西娅变成了怪物，里加尔为了不让她痛苦不得不杀了她。万分自责的里加尔当跑去自首，在监狱中教皇以他诱拐柯蕾特为条件答应帮他逮捕瓦利，但是却被骗了。
艾莉西娅对能够在自己完全消失前见到里加尔感到非常欣慰，她要罗伊德把她坟前的EX晶球打破，这样她的灵魂才能完全解放。
艾利西娅安息以后，罗伊德等人马不停蹄地继续展开精灵签约之旅。来到位于梅鲁托基奥南方的暗之神殿，发现这里太暗不能前进，众人准备去精灵研究所寻求帮助。研究所的人把兰色蜡烛交给罗伊德，同时告诉他凯特因为藏匿犯人罪被逮捕了！为了救凯特，里加尔建议去斗技场，因为那里和牢房是相通的。花钱贿赂小姐后进入斗技场，救出凯特后，她拜托罗伊德把她带到她的故乡——已经成为废墟的奥泽多。她道出了自己的身世，原来她的母亲是精灵，父亲就是现在的教皇！
返回雷之神殿，兰色蜡烛的光芒照亮了整个神殿，在最深处椎名顺利和暗精灵签定契约。回西尔瓦兰特分别在托里艾特迹和巴拉克拉夫王庙与火精灵及风精灵签约后，精灵契约之旅也剩下了最后一站玛娜守护塔。
罗伊德等怀着期待和激动再次光临玛娜守护塔。即将到顶部的时候却发现了克拉托斯。
“你们如果解开全部的封印的话，守护‘巨大果实’的力量就会全部丧失。”
“这正是我们所期望的！”尤安出现，他让罗伊德等赶紧去上层和光精灵签约。
众人赶到上层，与光精灵露娜及阿斯卡签定了契约，尤安和克拉托斯也紧跟着赶了上来。两个世界所有的精灵都被解放了，换来却不是世界的重生。大数卡兰复活了，它的树根遍步整个世界，世界顿时天混地暗，海啸，地震，城镇开始严重破坏，其威慑力甚至波及到泰赛阿拉。大树的中央困着的一名女子也睁开了她的眼睛。
“到底怎么了！”罗伊德被眼前发生的一切惊呆了。
“‘巨大果实’失去了精灵守护的安定环境开始暴走了！”克拉托斯回答。
“怎么会？精灵不是为了从外部遮断种子成长的一个手段吗？”尤安不敢相信。
“不仅如此，两个世界因被尤古多拉希尔强行发生错位，本来它们是相互分离要被时空的狭间所吞没的，正是因为世界的中心存在‘巨大果实’，才回避了这个。”
“这个不用你解释我也知道！”
“‘巨大果实’被分离的两个世界所吸引，处于随时都可能暴走的不稳定状态。”
“等等，‘精灵之楔’不是用来把‘巨大果实’限制在两个世界狭间的吗？”
“正是这样，失去安定环境的‘巨大果实’在你们玛娜流的照射下，结果以扭曲的形态发芽暴走，把