闻讯而来的阿鲁特斯塔见到已经恢复正常的璞蕾赛娅居然又夸张地跑回家去，追到他的住所，阿鲁特斯塔向罗伊德等人讲述了他所知道的一切。原来，阿鲁特斯塔是所属于克鲁西斯的要之纹手工师，因为厌恶了间接杀人，从克鲁西斯逃到奥泽多定居，但是却又被罗迪鲁所抓胁迫制造辉石，而罗迪鲁正欲谋反克鲁西斯，所以尤古多拉希尔才会迁怒于他毁灭奥泽多。克鲁西斯的目的就是半精灵千年王国的建立和玛天露的复活，而谋反者罗迪鲁不知道从哪里得到了魔导炮的设计图，利用牧场主的身份派人建造，企图建立自己的帝国。尤古多拉希尔创作了两个世界，而世界通过传说中位于“异界之扉”的两极联系在一起，尤古多拉希尔就是利用这个地方来穿梭与两个世界的。
在阿鲁特斯塔家休息了一晚，第二天早上起来却发现莉菲尔不见了，她留下一封信说有事情调查要先走一步，塔巴莎说她好象是往南方去了。吉尼亚斯很担心姐姐，要求罗伊德立即去寻找莉菲尔，临走时阿鲁特斯塔把完全的要之纹交给了璞蕾赛娅，希望得到她的原谅。
根据塔巴莎所指的方向，里加尔推断莉菲尔很有可能是去了阿鲁塔米拉。
海之乐园阿鲁塔米拉，这里有着整个泰赛阿拉最豪华的娱乐设施，是人们心中的渡假胜地，可里加尔却似乎有什么苦衷不肯进去。没走多远看到有个叫乔治的老年贵族，他一见璞蕾赛娅就喊她“艾莉西娅”，而这正是璞蕾赛娅妹妹的名字。听乔治说艾莉西娅在很早前就已经去世了，她在贵族布莱安家做仆人，因为卷入某个事件而失去了生命。但当璞蕾赛娅问起具体死因时乔治却避而不谈。乔治把雷扎雷亚公司(レザレア会社)的会员证交给璞蕾赛娅，那里的空中庭园有艾莉西娅的坟墓，希望她可以去看看艾莉西娅。
来到艾莉西娅墓前，发现在墓碑上镶嵌着一颗EX晶球，艾莉西娅的灵魂出现，这个时候艾莉西娅的灵魂出现了，她的肉体已经死亡，而意识仍然残留在EX晶球中，而很快她的意识也将被夺去。她要璞蕾赛娅在她完全消失前去找她的主人布莱安，因为是他杀了她。找遍阿鲁塔米拉也没有见到莉菲尔，离开空中庭院的时候，罗伊德等无意间听见两个居民在说异界之扉今晚就将开启，人们将被带到黄泉之国西尔瓦兰特，而它的位置就在海的东边。莉菲尔很有可能是去了那里。
当晚是满月，一进异界之扉罗伊德等就发现了莉菲尔，原来她和吉尼亚斯都不是西尔瓦兰特人，她们出生在泰赛阿拉的精灵之里，后来被遗弃在异界之扉，通过两极送到了西尔瓦兰特。
“那么，我现在送你去黄泉之国怎么样？”一群教皇骑士团的人出现了，而他们的领头居然是椎名的好友：蛇！他一直对椎名让雷精灵暴走误杀了他父母耿耿于怀。骑士团的人实在太多了，罗伊德等人渐渐支撑不住了，一滤月光洒在遗迹上，连接两个世界的通道在瞬间被打开，众人带着米托斯一起逃往了西尔瓦兰特。
罗伊德一行被传送到了帕鲁玛克斯塔，为了不让米托斯卷入事件，罗伊德准备把他暂时安顿在尼鲁那里，自己则去寻找罗迪鲁和迪赛安的的下落。听尼鲁说迪赛安现在经常在已经毁灭的帕鲁玛克斯塔牧场聚集，不知道是在谋划什么。罗伊德等人临走时米托斯把他姐姐的遗物风笛送给了吉尼亚斯，说只要他们有危险的时候吹响风笛就会有人去救他们。
一进牧场却发现了雷内盖塔的人，尤安告诉了罗伊德一个不为人知的秘密……
圣地卡兰孕育玛娜的生命之木“大树卡兰”是确实存在的，但是由于古代大战玛娜开始枯竭，现在在圣地卡兰只剩下大树的种子“巨大果实”了。而要将两个世界合二为一，“巨大果实”是不可缺少的，不过现在两个世界却还在榨取“巨大果实”仅有的一点玛娜，所以“巨大果实”正在慢慢步向死亡，而为了救它就需要照射大量纯粹的玛娜，这东西在克鲁西斯的据点得利斯·卡兰就有，据点本身就是巨大的玛娜块形成的彗星。尤古多拉希尔为了让玛天露复活把据点所有玛娜献给了玛天露，玛天露用克鲁西斯辉石的力量寄生在“巨大果实”上，而如果她觉醒的话“巨大果实”的玛娜就会被她完全吸收而死亡，为了阻止雷内盖塔，尤古多拉希尔在玛天露寄生的“巨大果实”上加上了精灵的封印，而雷内盖塔的目的就是阻止玛天露复活，让果实发芽，从而消灭玛天露，让大树复活，拯救这个世界。
尤安要求罗伊德和他联手去解除精灵封印，罗伊德欣然答应了。尤安告诉大家罗迪鲁的下落，他正在自己的牧场准备魔导炮的制造。而波塔正好也准备去罗迪鲁的牧场用玛娜流照射“巨大果实”，所以可以顺便带罗伊德一起去。
在牧场顶部控制市见到了罗迪鲁，他企图用海水淹没人质，而通望魔导炮的道路也已经被他用海水淹没了。罗迪鲁给自己装备了克鲁西斯辉石，直取罗伊德。但是没过几个回合便倒下了，这个卑鄙的小人发现自己已经无路可逃时启动了自爆装置。正在大家都束手无策时，波塔赶到控制室愿意帮助大家解除装置，并且要罗伊德等赶紧离开去救人质。在确认罗伊德等人已经全