命军都督，清廷调吴禄贞率第六镇前往镇压。吴禄贞却在娘子关与阎锡山会谈，组建“燕晋联军”，商定于11月7日共讨北京。11月2日，吴禄贞向清廷谎称山西民军已接受招安，并以“消弭战争”为由在石家庄扣留了北洋军运往湖北的军火，吴禄贞的举动令清廷产生了怀疑。袁世凯指使其死党周符麟用二万元收买了吴部下马步周和其他几个军官。11月7日凌晨，马步周率几名打手闯进吴的住所将其枪杀，然后又割下吴禄贞的首级，以便向主子请功。吴禄贞就这样被袁世凯秘密买凶杀死，年仅31岁。
民国成立后，孙中山特颁第一号抚恤令，谥吴禄贞为大将军，于1912年3月14日在上海张园召开吴禄贞追悼会，亲笔写下悼词“盖世之杰”以缅怀这位壮志未酬的青年才俊。孙中山在祭文中写道：“代有伟人，振我汉声。觥觥吴公，盖世之杰，雄图不展，捐躯殉国……”，