汗贪财害死了蒙古商队，他并不赞成，他也不知情，但是因为太后支持国舅，他也只得以强硬的态度对待蒙古的使团。
当时他真的相信那是一群野蛮的异教徒，骑着像兔子一样矮小的马，根本就不堪一击。他第一次在西辽边境同哲别率领的蒙古部队遭遇的时候，才领略了蒙古人的战斗力之强。
面对着蒙古大军的进攻，摩诃末国王拒绝了集中兵力决战的建议，分兵把关、个自为战，导致被动挨打。当蒙古大军日益逼近时，他又放弃都城和天险，率众逃跑，从未组织过一次象样的抵抗。
听从成吉思汗的命令，蒙古名将哲别、速不台率军追击摩诃末，成吉思汗要求他们要像猎犬一样咬住猎物不放，即使躲入了山林、海岛，也要像疾风闪电般追上去。躲入山林的秃儿罕王后被迫投降了，逃往海岛的摩诃末也悲惨地死去。
摩诃末死了之后，哲别与速不台挥军北上，进入了钦察草原与斡罗思地区，因为术赤与察合台的意见不合，玉龙杰赤久攻不下。成吉思汗命令窝阔台为前线指挥，最后才攻下玉龙杰赤城。
不可一世的花剌子模被消灭了，钦察骑兵和斡罗思诸公国也一败涂地，古印度河、伏尔加河一带成为激烈争夺的战场。花剌子模的王子札兰丁率领残部进行抵抗，在八鲁弯之战中一举消灭了将近三万的蒙古兵。但是花剌子模大势己去，札兰丁被成吉思汗围困在申河边上，最后突围逃往了印度。
在西征回军的路上，成吉思汗接见中国北方道教全真派首领长春真人丘处机，丘处机是道教全真龙门派掌教，成吉思汗待他如良师益友，丘处机与成吉思汗的相会时间并不长，但是在成吉思汗人生道路上起的作用却相当的大，使他的性格也发生了不小的变化。
丘处机清楚地告诉他，人是不能长生不老的，只能养生。还告诉他一条治国之道，劝他要清静无为，不要滥杀无辜。