堂散落的资料中了解到许多重要信息。资料显示统一教是200多年前由迈克尔·奥特曼（an）所创立，统一教笃信人类能通过信标的指引统一在一起。显然统一教将信标当作了教派的圣物。通过危机四伏的殡葬馆后，艾萨克终于抵达戴安娜所在的安全屋。刚一进门，艾萨克便被两人囚住。原来戴安娜是统一教的人，她告诉艾萨克统一教将他带到这里的目的是为了建造信标。一干人等正准备将艾萨克带上穿梭机时，一艘飞艇突然出现并展开攻击，戴安娜等人当场毙命，艾萨克则幸运的躲过一劫。
在与斯特罗斯联系之后，艾萨克得知所发生一切灾难均源自信标，二人大脑中存放有泰德曼设置的特殊密码，要结束灾难需要毁掉信标。由于信标被放置在政府区，于是二人决定前往政府区将其摧毁。在路途中，艾萨克三翻四次遇到女友妮可幻象的纠缠。妮可不断拷问艾萨克，认为艾萨克已放弃了自己，她希望借此引起艾萨克的愧疚，最终与其“合而为一”。在前往政府区的路上艾萨克又遇上了一个名叫埃莉（ellie）女性。在中转枢纽站艾萨克再次与埃莉、斯特罗斯相遇，交谈中艾萨克得知埃莉是cec（、和谐开采公司）的重型设备驾驶员。在艾萨克重组了太阳能阵列，打通电车的电源后，三人乘着轨道电车驶往政府区。
泰德曼为阻止艾萨克的前进，用太阳能激光切断了通往电车站的轨道。无奈之下，艾萨克重回石村号上启动了引力索。在乘救生舱返回到电车站后，传来斯特罗斯要挖埃莉眼球的视频信息。原来斯特罗斯在受到信标的影响后，对幻象始终无法抗拒，并认为关闭信标需要与信标进行沟通，而挖眼成了他认定的关键步骤。艾萨克火速前往阻止，亦遭到斯特罗斯的疯狂攻击，无奈之下将其杀死。
艾萨克终于不堪妮可幻象的影响，承认了自己仍然深爱着妮可，坦然面对幻象的拷问。获得解脱后的艾萨克决定亲自去毁掉信标。他与埃莉二人开着采矿车来到了政府区。在了解到信标被放置在政府区的最低层后，艾萨克突破政府军队的包围，破坏了空间站底层的动力设备，至使政府区内的保护网断电。也因此释放出政府试验的众多尸变体，政府军队瞬间全灭。完全脱离控制的信标不断吸引着尸变体和艾萨克前来。行动前艾萨克不愿埃莉以身犯险，将其乘坐的救生艇强行弹走。艾萨克为破坏信标，只身来到了信标所在地。信标原想利用艾萨克对妮可的感情而入侵他的大脑，结果反被艾萨克摧毁。
信标被摧毁后，空间站的核动力发生器失衡，随即发生爆炸。正当艾萨克坐以待毙的之时，埃莉驶着飞艇打破了空间站顶部，最终二人乘着飞艇一同逃出了恶梦之地。在飞艇上，艾萨克回想起石村号上的遭遇，又望了副驾座一眼。这次他看到的不再是幻象，而是一起出生入死的战友埃莉的身影。
信标的始源
公元2208年，一支由官方组建的科考队前往墨西哥尤卡坦半岛的希克苏鲁伯陨石坑（r，即现在被普遍认为是6500万年前造成恐龙灭绝的陨石撞击遗迹）进行考察，队员中包括了日后被统一教（logy）追认为创立者和精神领袖的地球物理学家迈克尔·奥特曼（an）。
科考中最惊人的发现就是被称为黑色信标（blackmarker）的神秘物体，人们猜测blackmarker是外星文明留下的遗迹。在研究过程中，包括奥特曼在内的很多科考队员受到了来自于blackmarker精神影响。关于blackmarker的部分发现如下：
1、blackmarker上包含了人类dna编码，blackmarker很可能与人类进化有直接的联系。
2、迈克尔·奥特曼和blackmarker建立了精神连接，blackmarker对他提供的信息让他更加坚信上述推断。
3、不少受到blackmarker精神影响的人都开始出现幻觉，丧失理智甚至变得疯狂。然而迈克尔·奥特曼在和blackmarker建立精神连接后认为，使人出现幻觉和发疯的力量来自于人脑本身，而并不是blackmarker。他认为是人脑为了抵制blackmarker的精神影响而启动的防御机制让人丧失理智。（《死亡空间2》游戏后期一份语音日志中提到能与信标marker建立精神连接——“和平对话”的人数极少，大部分人只是被迫强行接受marker的影响并发疯而已，奥特曼的理论也解释了诸如游戏主角艾萨克·克拉克，以及他本人这样的少数人在与marker对话后依然能保持理智的原因。）
不幸的是，本次科考以悲剧而告终。部分陷入疯狂的科考队员开始将blackmarker视为神的赐物，而迈克尔·奥特曼，因为具有与blackmarker建立无副作用平和精神连接的能力，则被视为先知。疯狂的信徒开始对其他所谓“异教徒”队员使用暴力，而blackmarker对死体细胞出人意料的重组影响导致了有史以来第一次尸变体（rphs）的爆发，大部分科考队成员遇害。奥特曼意识到了blac