、水木工业学校等院校培养的学生连近在咫尺的湖北、京师、直隶都满足不了，哪有余力来援助川、陕、甘三省？
孙元起记得两句古训：磨刀不误砍柴工；十年树木百年树人所以尽管心里着急筹建工厂，而且不远的将来甚至会面临资金短缺，他还是决定先抽几天整顿一下四川的高等教育格局
这里要特别说明一下，清末民初的高等教育不能等同于现在的高等教育那时候教育水平相对低下，教育制度很大程度上是剿袭日本，所谓的“高等学堂”、“高等学校”只相当于现在的高中或中专当然，现在日本的高中还叫“高等学校”那时候真正意义上的大学仅有京师大学堂、北洋大学堂等寥寥几所而已
即便教学内容仅仅相当于现在的高中水平，在此刻的四川也没有几所
就孙元起所知，现在四川的最高学府是光绪二十八年1902由四川中西学堂、尊经院合并而成的四川省城高等学堂现四川大学前身，其次是光绪三十一年1905创立的四川通省师范学堂接下来是所谓的“五大专门学堂”，即四川法政学堂1905、四川通省农政学堂1906，现四川农业大学前身、四川藏文学堂1906、四川高等工业学堂1908、四川存古学堂1910，此外还有四川高等巡警学堂1909、四川武备学堂1902等这些学校一起构成了清末四川高等教育的主要阵容虽然水平不高，但门类齐全
对于如何整顿学校，孙元起在湖北时已经实战过一次，可谓行家里手此次以总督之威驾轻车就熟路，是得心应手
首先，他对学校里面的老师进行裁汰，不合格的一律清退遣散，有空缺则由经世大学毕业生前来补齐；
其次对学生进行甄别，根据实际水平重划定年级；
第三，根据各个学校的特色，重设置专业、安排课时、选择教材，其中高等工业学堂是调整的重中之重；
第四，把位于成都城内的通省师范学堂、法政学堂、高等工业学堂等学校全部迁到城外划定的高教园区；
第五，把高等巡警学堂、武备学堂、陆军小学堂等军事性质的院校合并成四川陆军军官学校，孙元起自任校长，一方面招收中学生入学教育，一方面对军队中的各级军官展开培训；
……
经过整顿，整个四川的高等教育局面顿时焕然一如果不是手里资金有限，孙元起甚至准备对基础教育下手，在川、陕、甘普及推广五年义务教育不过他已经预谋在三年以后，也就是一战爆发那一年，那时候自己也该赚得盘满钵满了，就把这个理想付诸实践
忙忙碌碌中，时间进入了崭的1912年在所谓的民国元年开始，南北局势却因为大总统的职位之争而变得剑拔弩张作为实力派和中间派，孙元起是两方积极拉拢的对象在年的头十天里，他这个北方内阁的学务大臣、南方政府的教育总长，至少分别接到二十封电报催他赶快前来就职，仿佛都在用这种方法逼孙元起表态
而孙元起在完成整顿学校之后，也已经把出川之行摆上了案头……)
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