灵之贼扰于北。凉肃之贼扰于西。几于剿不胜剿。防不胜防。臣若株守省垣。则饥军终虞坐困；若出省剿办。则根本时虞动摇。外察赋势。内度兵力。实属不敷分拨。”
同年11月。捻军首领张宗禹按照“前进甘陕。连结回众”。以成犄角之势的战略思想。率西捻军三万余众自河南进入陕西华阴、渭南境内。清廷害怕回民军与西捻军联合。急令湘军援陕。
提督刘松山统老湘军十八营由河南前往。一面奏调防守中卫的穆图善部移驻甘陕交界的泾州。防止回捻合势。一面率三十营清军从陕西西部的陇州、邠州一带东下。专力攻捻。
回民军与西捻军虽然各自为战。但仍时离时合。在一定程度上起到了战略上相互配合的作用。
甘肃回民军在不断发展的过程中。逐渐形成了四个反清斗争中心：
一个是马化龙领导的以金积堡为中心。包括宁夏府和陇东在内的起义地区。
一个是马占鳌领导的以河州为中心的回、撒拉、东乡族起义地区。
一个是先后由马文义、马桂源和马本源领导的以西宁为中心的起义地区。
一个是马文禄领导的以肃州为中心的起义地区。
陇东的董志原。则是陕西回民军的根据地。
由于陕甘总督杨岳斌对镇压陕甘回民起义束手无策。大清调派闽浙总督左宗棠接任陕甘总督。
1867年1月。左宗棠从福州取道江西到达汉口。随即进行各项准备工作。2月。清廷又授左宗棠为钦差大臣。催其迅速北上。督办陕甘军务。